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É importante ressaltar que todo rearranjo gênico ocorre no início da maturação do LB, no estágio pré-B, ainda na medula óssea, e de modo totalmente independente de qualquer contato com antígeno.

O processo combinatório dos diferentes segmentos que compõem as porções variáveis das cadeias pesadas e leves e as diferentes possibilidades de associação entre elas resultam em cerca de 10 especificidades diferentes de reconhecimento pelas imunoglobulinas.

A fim de restringir esse repertório, mecanismos de seleção positiva e negativa atuam durante a maturação dos LB. Na seleção positiva, os LB imaturos expressando moléculas funcionais de Ig de membrana recebem sinais de sobrevivência para prosseguir a maturação. No processo de seleção negativa, os LB imaturos, ainda na medula óssea, que reconhecem antígenos próprios com alta afinidade sofrem apoptose ou entram em um processo denominado edição de receptor, no qual os genes RAG são novamente ativados e outra combinação V-J de cadeia leve é gerada em substituição à anterior, auto-reativa.

Inicialmente ocorre o rearranjo dos genes da cadeia β do TCR e, em seguida, da cadeia α. Os timócitos, ou linfócitos imaturos, começam a expressar baixos níveis de CD4 e CD8 na superfície, sendo, portanto, duplo-positivos. Nesta fase, os timócitos migram em direção à medula tímica e entram em contato com Ag próprios apresentados pelas células epiteliais do estroma tímico. Apenas aqueles que se ligam ao complexo MHC/Ag com afinidade adequada recebem estímulo para sobreviver (seleção positiva). Os timócitos cujo TCR não apresenta afinidade pelo MHC próprio sofrem apoptose pela falta de estímulo (morte por negligência). A interação com moléculas MHC de classe I ou II determina a diferenciação do timócito em LT CD8+ ou CD4+, respectivamente. Continuando a maturação, os timócitos αβ que sobreviveram à seleção positiva e expressam apenas CD4 ou CD8 entram em contato na medula com células dendríticas e macrófagos, células apresentadoras de antígenos (APCs) extremamente eficientes, que apresentam Ag próprios associados ao MHC. Os timócitos imaturos que interagem com muita afinidade com esses complexos morrem por apoptose (seleção negativa). As células que sobrevivem tornam-se LT maduros, prontos para deixarem o timo e exercerem suas funções na periferia. Apenas cerca de 5% das células que entram no timo tornam-se LT maduros.

Este processo de educação tímica visa garantir que os LT circulantes sejam tolerantes aos Ag próprios, mas capazes de reconhecer Ag estranhos ao organismo quando apresentados pelo MHC próprio. Entretanto, os mecanismos centrais de tolerância não são absolutos uma vez que LT autorreativos podem ser encontrados na periferia. Entre outros mecanismos de regulação periférica, destacam-se diferentes populações de LT reguladores que atuam na periferia impedindo o desenvolvimento de autoimunidade.

Atualmente, são conhecidos outros tipos de linfócitos T. 

CD4+ ou "Helper";   
CD8+ ou supressor e citotóxico.