Su proceso de descolonización fue interrumpido en 1976, cuando España abandonó el Sahara Occidental en manos de Marruecos y Mauritania. El territorio está ocupado​ actualmente en su mayor parte por Marruecos, que lo llama sus Provincias Meridionales, aunque la soberanía marroquí no es reconocida por las Naciones Unidas​ y es rechazada por el Frente Polisario, que proclamó su independencia en 1976 creando la República Árabe Saharaui Democrática, reconocida hasta el momento por ochenta y dos países de los cuales 51 han congelado o cancelado su relación con ella. Esta administra la región al este no controlada por Marruecos, la cual se denomina Zona Libre.

Tras la independencia de Marruecos, este reclamó el territorio del Sahara Occidental como parte de su proyecto Gran Marruecos. En 1967, la Organización de las Naciones Unidas recomendó la descolonización del territorio en tanto que poco después, Mauritania también se sumó a las reclamaciones territoriales marroquíes.

Entretanto, comenzó la agitación nacionalista en el territorio. En 1968, se creó el Movimiento de Liberación de Saguia el-Hamra y Río de Oro bajo el liderazgo de Sidi Brahim Bassiri. El gobierno español, para tratar de solucionar los problemas nacionalistas, estableció en 1969 el Sahara español como una provincia española, por lo que dejó de ser una colonia y se convirtió en territorio integrante español. Un brote nacionalista en El Aaiún concluyó el 17 de junio de 1970 con 40 muertos y cientos de detenidos. Bassiri fue arrestado y nunca se volvió a saber de él. Poco después, el 10 de mayo de 1973, se creó el Frente Polisario, que comenzó la lucha armada contra España.

El 21 de agosto de 1975, Estados Unidos dio luz verde a un proyecto estratégico secreto de la CIA, financiado por Arabia Saudí, para arrebatar la provincia del Sahara Español a España, siendo el Sahara un territorio vital desde el punto geoestratégico, rico en fosfatos, hierro, petróleo y gas, que Estados Unidos no quería dejar en manos de España.

El 6 de octubre, los servicios de Inteligencia del Ejército español informaron a Franco de los planes de Estados Unidos sobre el Sáhara Occidental y le pidieron que actuara en consecuencia. El 21 de octubre, Juan Carlos, príncipe de España y heredero del dictador, se negó a aceptar la jefatura en España con carácter interino, pues buscaba poder total para poder actuar en el Sáhara Occidental, que consiguió poco tiempo después. Con riesgo de una guerra entre España y Marruecos, Juan Carlos I pidió ayuda de Henry Kissinger, el secretario de estado estadounidense, y este aceptó la mediación solicitada por el rey, intercediendo ante Hasán II, con lo que en las siguientes horas se firmó un pacto secreto por el que Juan Carlos se comprometía a entregar el Sahara español a Marruecos a cambio del total apoyo político estadounidense en su gobierno como rey de España.22​

La guerra del Sahara Occidental es un conflicto armado entre el Frente Polisario y las fuerzas armadas de Marruecos y Mauritania para la descolonización y la independencia de la antigua colonia española del Sáhara Occidental desde 1975 hasta 1991.

Actualmente, el territorio del Sahara Occidental se halla dividido por un muro de más de 2000 km de largo que divide de norte a sur el Sahara Occidental. La zona al oeste del muro, de protección marroquí, es el territorio ocupado por Marruecos, llamado Sahara marroquí, mientras que la zona al este del muro constituye lo denominado por el Polisario territorios liberados o zona defensiva para Marruecos.