Taj rat nazivamo Domovinskim ratom.

30.svibnja 1990. zasjedao je novi, višestranački Sabor koji je Franju Tuđmana proglasio predsjednikom Hrvatske. Stjepan Mesić je izabran za predsjednika Vlade. Potkraj 1990. Sabor je proglasio novi hrvatski Ustav. Nekadašnji komunisti su izgubili izbore u i u Sloveniji, Bosni i Hercegovini i Makedoniji. U Srbiji je na vlasti ostao Slobodan Milošević, a u Crnoj Gori bivši komunistički političari pod utjecajem Miloševića.

Na dan 27. lipnja 1991. godine počeo je rat u Sloveniji. Jugoslavenska narodna armija sukobila se sa slovenskom teritorijalnom obranom. Nakon desetak dana ratovanja sklopljeno je primirje i postignut dogovor o povlačenju JNA iz Slovenije. Poginulo je više od 70 ljudi. Na poticaj Europske zajednice, Hrvatska i Slovenija pristale su na tri mjeseca odgoditi svoje odluke o osamostaljenju. Milošević i vodstvo JNA dotada su već bili odustali od čuvanja Jugoslavije i željeli su se usredotočiti na stvaranje ,,velike Srbije''. U Sloveniji nije živjelo mnogo pripadnika srpske manjine te je , unatoč odgodi, bilo jasno da je Slovenija postala neovisna država.

U Hrvatsku su iz Srbije pristizale paravojne postrojbe, često sa simbolima kakve su nosili četnici u Drugom svjetskom ratu. Hrvatskim braniteljima je falilo oružja, streljiva i druge opreme. UN je proglasio embargo (zabranu) na uvoz oružja u Jugoslaviju, što je znatno teže pogodilo slabije naoružanu Hrvatsku jer su pobunjenici imali odlično naoružanu JNA.

Ujesen 1991. godine osvojene su mnoge vojarne JNA u hrvatskim gradovima i zarobljena je velika količina oružja i ratne opreme. JNA i srpske snage okupirale su krajnji sjeveroistok Hrvatske, dio zapadne Slavonije; velike dijelove Banovine, Korduna i Like. Mnoga sela i gradovi su uništeni, a nesrpsko stanovništvo protjerano ili ubijeno. Gradovi koji su najviše stradali u ratu: Vukovar, Dubrovnik, Osijek, Vinkovci, Slavonski Brod, Sisak, Karlovac, Zadar, Gospić, Šibenik...

U bitkama za vojarne stradali su i gradovi udaljeni od bojišnice, npr. Varaždin, Bjelovar i Novi Zagreb. Na dan 7.listopada ratni zrakoplov JNA je raketom pogodio Banske dvore, sjedište Vlade Republike Hrvatske. Sljedećeg dana je Sabor donio odluku o raskidu državno-pravne sveze Hrvatske s ostalim republikama i pokrajinama SFRJ-a.

Na početku 1995. godine predstavnici međunarodne zajednice predložili su hrvatskoj i srpskoj strani u Hrvatskoj plan sporazuma poznat pod nazivom Z4. Plan je tako nazvan jer je stvoren u Zagrebu. U njegovoj izradi je sudjelovalo četvero čimbenika u međunarodnoj zajednici: Ujedinjeni narodi, Europska unija, SAD i Rusija. Glavni zagovornik sporazuma je bio američki veleposlanik u Hrvatskoj Peter Galbraith. Sporazum Z4 predviđao je visok stupanj autonomije za područja u kojima su Srbi imali većinu prije rata, premda ne za cijelo područje Republike Srpske Krajine. Ta autonomna pokrajina je trebala imati vlastiti parlament, vladu i sudove, školstvo i policiju te vlastite simbole, jezik i pismo.

Republika Hrvatska nadzirala bi granice, a Krajina bi se u roku od pet godina morala demilitarizirati. Hrvatski predstavnici su plan nerado prihvatili, ali samo kao temelj za daljnje pregovore. Srpski predstavnici su ga odbili razmotriti.

Neuspjeh plana Z4 pokazao je da srpska strana nije bila spremna na kompromis. Postalo je jasno da Hrvatska neće vratiti okupirana područja mirnim putem.

Oluja je počela u zoru 4. kolovoza 1995. Već prijepodne drugog dana je postignut najvažniji uspjeh: 7. i 4. gardijska brigada oslobodile su Knin. Dan oslobođenja Knina, 5. kolovoza 1995. godine, danas se slavi kao praznik - Dan pobjede i domovinske zahvalnosti. Do 7. kolovoza su hrvatske snage oslobodile cijelu Dalmaciju, Liku, Kordun i Banovinu te stigle na državnu granicu s BiH.

Glavni zapovjednik operacije bio je Zvonimir Červenko, načelnik Glavnog stožera Oružanih snaga Republike Hrvatske. Mobilizirano je više od 100 000 vojnih obveznika.

U operaciji je poginulo 196 hrvatskih vojnika, a na srpskoj strani su gubitci bili trostruko veći. U Oluji je oslobođeno 10 400 četvornih kilometara, što je gotovo 20% ukupne površine Republike Hrvatske.

Pobjeda u Oluji omogućila je povratak prognanika i gospodarskog oporavka te prometno povezivanje Hrvatske.

Dio Hrvata je smatrao da će reintergracija teći presporo pa su se zauzimali za vojno rješenje. U prosincu 1997., Vijeće sigurnosti je donijelo odluku o završetku prijelazne uprave, a 15. siječnja 1998. Istočna Slavonija, Baranja i Zapadni Srijem su ponovno postali dijelom Republike Hrvatske.

Teške posljedice rata trpjelo je gospodarstvo u cijeloj Hrvatskoj. U okupiranim područjima se gospodarstvo zamrlo pa je povratak prognanika bio spor. U neokupiranim područjima su ceste i pruge bile razrušene što je otežavalo gospodarske aktivnosti. Turizam je također zastao jer stranih turista gotovo da i nije bilo. Budući da je turizam jedna od najvažnijih grana gospodarstva, to je jako utjecalo na sveukupno gospodarsko stanje.