Manco Cápac fundó también la dinastía de los inca, o soberanos, que regiría este formidable imperio hasta su extinción en 1571, año en que los conquistadores españoles decapitaron en Cuzco a Túpac Amaru, el último inca. Al parecer, Manco Cápac murió a los setenta años de edad y fue sucedido por su hijo Sinchi Roca; parece probable que fuera embalsamado e inhumado en el gran templo del Sol, en Cuzco, como ocurrió con sus descendientes.

Tras su muerte, la figura de Manco Cápac I trascendió al personaje histórico para convertirse en un héroe mítico, protagonista de la narración que explica los orígenes legendarios del pueblo inca y de sus monarcas. Según el relato recogido, entre otros, por el cronista Garcilaso de la Vega, el Inca (1539-1616), ocho hijos del dios sol Inti, cuatro varones (Manco Cápac, Ayar Cachi, Ayar Ucho y Ayar Auca) y cuatro hembras, surgieron del fluido subterráneo por una cueva situada en la roca sagrada de Pacaritambo, a unos 30 Km al sudeste de Cuzco.

Recibieron el encargo de dirigirse hacia el norte llevando una vara de oro, la cual periódicamente debían tratar de hundir en el suelo hasta encontrar un lugar donde la vara entre fácilmente para luego establecerse ahí. Esto ocurrió al pie del cerro Huanacaure,en Cuzco adonde convocaron a todos los pobladores de las áreas vecinas. Allí, los convencieron de su origen divino y de su labor civilizado. De esta manera, y siguiendo los ejemplos de su padre el Sol, Manco Cápac enseñó a los hombres a cultivar la tierra y el maíz, a hacer canales de riego y a construir casas de piedra. Mientras tanto, Mama Ocllo, enseñaba a las mujeres a hilar y a tejer para hacer vestidos y otros tejidos de lana y algodón.