Trong vài tháng nhiễm bệnh, số lượng tế bào CD4+ chỉ giảm nhẹ. Người bệnh gặp các triệu chứng như cúm, sốt, nhức đầu, đau bụng, đau nhức cơ bắp, tiêu chảy, phát ban, nổi hạch... Trong khoảng từ 8-10 năm tiếp theo, các tế bào CD4+ giảm mạnh, gây ra các triệu chứng như mệt mỏi, khó thở, ho, sốt, sưng hạch bạch huyết, giảm cân…

Hệ thống hô hấp và tim mạch

virus HIV làm tăng nguy cơ bị cảm lạnh, cúm và viêm phổi. Theo Hiệp hội Ung thư Mỹ, HIV có thể dẫn đến các bệnh phổi cơ hội. Nếu không điều trị dự phòng, người bệnh dễ bị bệnh lao, viêm phổi, ung thư phổi.

Virus HIV cũng làm tăng nguy cơ tăng huyết áp động mạch phổi (PAH), gây áp lực trên tim.

Hệ thống tiêu hóa

 Người bị nhiễm HIV cũng có nguy cơ bị nhiễm khuẩn Salmonella và biến chứng nghiêm trọng như tiêu chảy, đau bụng, nôn.

Virus HIV cũng làm giảm sự thèm ăn, gây khó khăn trong việc ăn uống đúng cách. Giảm cân nhanh chóng là một tác dụng phụ thường gặp của HIV.

Hệ thống thần kinh trung ương
Mặc dù HIV không lây nhiễm trực tiếp tới các tế bào thần kinh, nó ảnh hưởng đến các tế bào hỗ trợ xung quanh dây thần kinh trong não và khắp cơ thể. Nhiễm HIV nặng có thể làm hỏng dây thần kinh, nhẹ thì ảnh hưởng đến các sợi thần kinh ngoại biên, gây đau, yếu và đi lại khó khăn.
Da
Những người nhiễm HIV có nguy cơ mắc bệnh zona, triệu chứng là phát ban đau đớn, có mụn nước trên da. Ngoài ra, người bệnh có thể mắc phải bệnh sẩn cục, gây ra những cục u vảy trên da, gây ngứa trầm trọng.