Devido à proximidade da costa, a qualidade ambiental do Monumento Natural das Ilhas Cagarras e de seu entorno pode ser impactada pela poluição das águas. Além da influência da Baía de Guanabara, a apenas 8 km das ilhas, ainda há o impacto do Emissário Submarino de Esgoto de Ipanema e do acúmulo de resíduos sólidos da cidade, que acabam chegando ao entorno das ilhas pela ação das chuvas, ventos e marés.

Em fases anteriores, o Projeto Ilhas do Rio realizou o monitoramento da Qualidade da Água para buscar compreender e aprofundar o conhecimento sobre as variações físico-químicas e microbiológicas da água no entorno do MONA Cagarras e áreas adjacentes. Nesta quarta fase, serão realizadas três diferentes linhas de pesquisa relacionadas à poluição do mar e a qualidade da água .

O ciclo da água faz com que a água circule em nosso meio de maneira contínua, envolvendo tanto componentes bióticos como abióticos. O ciclo da água é movido pela energia solar. O Sol aquece a água de oceanos, mares, rios e lagos, fazendo com que a água passe do estado líquido para o gasoso (evaporação).