La classe colta era quella che deteneva effettivamente il potere. Erano gli uomini che si erano potuti innalzare grazie a quello studio su cui tanto avevano insistito sia Confucio sia Mencio sia Xunzi: essi conoscevano i riti e la scienza del governo, possedevano i testi di storia e potevano così rendere operante il mandato celeste dell'imperatore, per mantenere il sistema in giusta armonia. Questa classe di letterati praticamente monopolizzò la cultura e fornì per secoli i quadri dell'amministrazione centrale e periferica: funzionari-letterati privi di specializzazioni tecniche, ma dotati di ampia cultura umanistica e filosofica. Su questa classe, formatasi ai principi del confucianesimo, si fondò per secoli quel sistema amministrativo che fu il pilastro centrale dell'impero cinese e del quale non sono completamente scomparse, neanche oggi, le vestigia e le impostazioni. 

Gli esami di Stato confuciani vennero già aboliti poco prima della fine dell'impero, nel 1905, e anche se il culto di Stato continuò ancora per pochi anni, la sua sorte era ormai segnata.
Nel 1917 la rivista Xin Qingnian ("Gioventù nuova") pubblicò degli articoli, a firma di Wu Yu e Chen Duxiu, che mettevano in discussione la validità della dottrina confuciana.

Studioso attento e appassionato di tutto ciò che restava delle antiche tradizioni, iniziò ben presto a raccogliere attorno a sé dei giovani ai quali insegnava le sue dottrine, che consistevano soprattutto nel trasmettere la saggezza e gli esempi degli antichi ed alle quali, pertanto, non attribuiva alcun carattere originale. Usava infatti dire che trasmetteva soltanto ciò che gli antichi avevano pensato e praticato e lo studio consisteva per lui soprattutto nella ricerca di modelli di comportamento tratti dal passato, quando le virtù non erano ancora state offuscate.

Il suo insegnamento verteva essenzialmente sull'arte del governo e sul comportamento personale socialmente inteso. Il problema politico, del reggimento dello Stato, era effettivamente di capitale importanza a quel tempo, quando la Cina assisteva ad un fenomeno di progressiva parcellizzazione del potere statale, col sorgere e l'affermarsi di principati praticamente indipendenti dal re della dinastia Zhou (1027-221 a.C.) che conservava a Luoyang, la capitale, un potere soltanto di nome. Però Confucio non poté sperimentare che una sola volta le sue capacità di amministrare, tra il 501 e il 500, quando il duca di Lu, il suo paese natale, gli conferì alcuni incarichi tra cui quelli di ministro della giustizia e di intendente dei lavori pubblici. Nonostante le amplificazioni della tradizione, che vuole che in questo breve periodo lo Stato fosse amministrato in maniera perfetta (tanto che le leggi penali, mentre egli era ministro della giustizia, non venivano più applicate per mancanza di delinquenti e di delitti) e che Confucio fosse estromesso, alla fine, dal governo soltanto per effetto di basse invidie e malevole insinuazioni calunniose, in realtà non riuscì ad ottenere il successo politico nel quale aveva sperato, scontentando praticamente tutti col suo rigoroso formalismo.

Deluso e disgustato tornò all'insegnamento privato, peregrinando nei diversi Stati della Cina, raccogliendo discepoli sempre più numerosi (fino a tremila, dice la tradizione) e dedicandosi alla raccolta di testi antichi, in poesia ed in prosa, dei quali compose due antologie, il "Classico della poesia" (Shijing) ed il "Classico dei documenti" (Shujing), che raccolgono tutti quei testi che egli considerava consoni al suo insegnamento. Dopo alcuni anni di peregrinazioni tornò a Lu, dove scrisse una storia in forma aridamente annalistica del principato, "Primavera e autunno" (Chunqiu), che è servita di modello, insieme ai commentari che vi furono aggiunti nelle generazioni successive, a tutta l'annalistica cinese successiva. Gli ultimi anni li trascorse dedicandosi allo studio del "Classico della mutazione" (Yijing), cercando di comprendere, attraverso la combinazione di linee intere e spezzate, simboleggianti rispettivamente il principio yang ed il principio yin, il senso della vita e la situazione cosmica attuale. Terminò i suoi giorni a Lu.

Mentre in vita non aveva avuto che delusioni, dopo la morte gli vennero conferiti gli onori più grandi che ad un uomo sia stato concesso mai di ottenere e nel corso dei secoli, quando il confucianesimo divenne dottrina ufficiale dello Stato cinese, gli venne tributato un vero e proprio culto, anche se di carattere esclusivamente civile. Postumamente gli vennero conferiti titoli onorifici di ogni tipo ed ai suoi discendenti, giunti oggi alla sessantacinquesima generazione, onori e cariche particolari che ne fecero una stirpe privilegiata, di una nobiltà che traeva origine non dall'esercizio delle armi ma dalla cultura.