A ello se sumaron problemas de orden regionalista entre ellos los departamentos de La Paz y Chiquisaca, y finalmente sobrevino la decadencia de la economía de la plata y el surgimiento del eje del norte ocasionado por el auge del estaño.

Fue así que a fines de 1899, un conflicto provocado por la promulgación de una ley que declaraba a la ciudad e sucre capital definitiva de la republica, sirvió de excusa para que los liberales paceños le declarar la guerra abierta al gobierno del presidente Fernández Alonso, organizando una junta de gobierno compuesta por los máximos lideres liberales. Después de vario meses de lucha, los libérales, que habían enarbolado las banderas del Federalismo, derrotaron a las fuerzas conservadoras en la batalla del Segundo Crucero cerca de Paria (Oruro).

Las consecuencias inmediatas de este triunfo se manifiestan en el traslado de la sede de gobierno a la ciudad de La Paz, en el abandono de la condición federalista y en el comienzo de un nuevo periodo político en la historia republicana: La era Liberal.

1.- La lucha política entre liberales y conservadores, hacia fines de la década de 1890 los liberales, cansados de las mañosas formas en que sus enemigos lograron mantenerse por años en el poder enarbolaron las banderas del federalismo y plantearon el traslado de la capital a la ciudad de La Paz.

2.- detrás de la coyuntura política existía un cambio estructural que tenia que ver con el creciente importancia económico de La Paz, Cuyas élites precisaban unificar el poder político y económico en la región.

3.- Los liberales contaban con ayuda de fuerzas aymaras que, en los últimos años habían sido instigadas bajo promesas de relacionadas con la devolución de sus tierras.

A fines de 1898, la situación derivo a una confrontación política abierta, pues los principales caudillos liberales se habían organizado en una junta de vecinos que proclamaron la federación y por tanto la revolución.

Pablo Zárate llamado “el willca”, fue sin duda el caudillo máximo de la sublevación. Su trayectoria política se remonta a varios años atrás cuando, junto a otros apoderados, lucharon por la defensa de sus tierras. Zárate, originario de la provincia Aroma era reconocido como un jefe Amira de indiscutible autoridad. Junto a el lucharon del lado liberal, Juan Lero, Feliciano Willca, Mauricio Pedro y otros.

La presencia de Zárate y sus huestes fue muy importante para el triumfo liberal gracias al profundo conocimiento que tenían de su medio geográfico y al elevado numero de su ejercito. En determinados momentos de la lucha, sin embargo, y casi en las postrimerías de la guerra y del triunfo, el movimiento indígena comenzó a tomar otro rumbo, el propio.

Esta sublevación, ocasionó por el descontento de los habitantes de las áreas rurales, encontró en el liderazgo de Pablo Zárate “el willca”, una vía para su liberación y se encamino a derrotar a la clase dominante en su conjunto. La masacre de Mohosa, y de Ayo Ayo: el proyecto de construir un gobierno indígena y autónomo en Peñas, así como el asalto a varias haciendas, fueron suficiente prueba de su intención autonomista.