El 4 de octubre de 1984 la Cámara Federal de la Capital Federal (tribunal civil) tomó la decisión de desplazar al tribunal militar que estaba enjuiciando a las juntas para hacerse cargo directamente del juicio. El fiscal fue Julio César Strassera y el fiscal adjunto Luis Gabriel Moreno Ocampo. El juicio se realizó entre el 22 de abril y el 14 de agosto de 1985. Se trataron 281 casos.

El 9 de diciembre de 1985 se dictó la sentencia condenando a Jorge Rafael Videla y Emilio Eduardo Massera a reclusión perpetua, a Roberto Eduardo Viola a 17 años de prisión, a Armando Lambruschini a 8 años de prisión y a Orlando Ramón Agosti a 4 años de prisión. En cambio fueron absueltos Omar Domingo Rubens Graffigna, Leopoldo Fortunato Galtieri, Basilio Lamí Dozo y Jorge Isaac Anaya.

Por las características que tuvo, la condena a las juntas militares realizada por un gobierno democrático constituyó un hecho sin precedentes en el mundo, que contrastó fuertemente con las transiciones negociadas que tuvieron lugar en aquellos años en Uruguay, Chile, Brasil, España, Portugal y Sudáfrica.

A partir de 2004 gran cantidad de jueces comenzaron a declarar la inconstitucionalidad de los indultos de delitos de lesa humanidad, reabriéndose así las causas contra los indultados por esos crímenes. El 6 de septiembre de 2006, la Corte de Casación, máximo tribunal argentino en materia penal declaró por primera vez la inconstitucionalidad de un indulto .²¹⁸​