Les micro-organismes sont représentés par diverses formes de vie parmi lesquelles les bactéries, certains champignons microscopiques, les archéobactéries, les protistes ; des algues vertes microscopiques, des animaux du plancton, les planaires, les amibes... Certains microbiologistes y ajoutent les virus alors que d'autres ne les considèrent pas comme des êtres vivants à part entière^1,2.

En améliorant le microscope et en mettant en évidence dès le xvii^e siècle l'existence des bactéries, le drapier hollandais Antoine van Leeuwenhoek apparaît comme le précurseur de l'étude des micro-organismes et de la biologie cellulaire. Depuis 1872 (Ferdinand Julius Cohn) les « bactéries » sont différenciées des levures, des moisissures, des infusoiresou des parasites.

Le mot « microbe » (littéralement « petite vie ») est introduit par le chirurgien français Charles Sédillot en 1878 pour désigner tous ces êtres vivants infiniment petits, un mois avant que Louis Pasteur et ses collaborateurs fassent une communication à l'Académie de médecine, sur la « théorie des germes » et ses applications à la médecine et à la chirurgie, dans laquelle des êtres vivants microscopiques sont déclarés responsables de maladies. Ce contexte explique que le terme « microbe » comporte une forte connotation négative alors que les micro-organismes participent au cycle du carbone et au cycle de l'azote, et accomplissent un rôle vital dans presque tous les écosystèmes. Les plantes et les animaux en bonne santé abritent une impressionnante diversité de micro-organismes (microbiote bactérien à proximité ou dans les racines, microbiote intestinal, cutané).

Au xix^e siècle, Agostino Bassi prouve l'origine microbienne du mal del segno, une maladie (muscardine) des vers à soie, Filippo Pacini celle du choléra, Casimir Davaine celle du charbon et les découvertes de micro-organismes se multiplient. Louis Pasteur participe au mouvement et découvre lui aussi quelques micro-organismes pathogènes. En 1867, Joseph Lister (qui déclare une dette envers Pasteur) révolutionne la chirurgieavec l'antisepsie. Divers scientifiques de l'époque, dont le plus connu est Pasteur, travaillent sur des vaccins.

En 1878, le médecin militaire Charles-Emmanuel Sédillot propose, dans une note des Comptes rendus de l'Académie des sciences, le terme « microbe » (signifiant mot à mot : petite vie) pour désigner tous les agents microscopiques pathogènes³. Les scientifiques hésitaient sur la place à leur donner dans le monde du vivant, si bien qu'ils les désignaient sous les termes de microphytes, microzoaires, microgermes ou germes, vibrions, leptothrix, bactéries, etc. Frappé des inconvénients d'une synonymie qui soulevait à chaque instant des contestations entre savants, Sédillot, propose le terme de microbes, agents visibles au microscope et susceptibles d'être cultivés.

La liste de ces agents est rapidement complétée⁴ : le staphylocoque (Pasteur, 1878), le gonocoque (Neisser, 1879), la typhoïde (Koch en 1880), la tuberculose (Koch en 1882) , le pneumocoque (Talamon, 1883), le choléra (Koch, 1883), le streptocoque (Fehleisen, 1883), la diphtérie (Löffler, 1884), le tétanos (Nicolaier, 1886), le méningocoque (Weichselbaum, 1887), la peste (Yersin, 1894), la dysenterie (Shiga, 1898), la coqueluche (Bordet et Gengou, 1906), etc. Ainsi, le terme microbe est surtout employé au xix^e siècle par les médecins qui le considèrent uniquement comme un agent pathogène, d'où sa connotation négative⁵. Celui moins connoté de micro-organisme, forgé en 1876 par Henri de Parville, rédacteur scientifique au Journal Officiel⁶ se substitue très progressivement à microbe au xx^e siècle⁷.