Chia 3 chuyên ngành, lịch học khách nhau, lịch thực tập dày đặt (đối với Chi đoàn năm 3, năm 4).

Có 2 hệ đào tạo, vừa cần phải kết nối, vừa cần phải đảm bảo chất lượng.

Các Chi đoàn năm 4 vẫn sinh hoạt trong học kỳ 7, tuy nhiên với thời điểm đó các bạn Đoàn viên đa số đang bắt đầu tìm kiếm việc làm dẫn đến việc khó triển khai và các bạn ít để tâm đến các hoạt động Đoàn Hội.

Khó huy động ĐVTN.

Nhiều thông tin được triển khai, đôi lúc Chi đoàn sẽ bị "ngộp", dẫn đến việc thực hiện không đảm bảo chất lượng.

Đa số các thành viên trong BCH Chi đoàn còn tham gia những tổ chức CLB/Đội/Nhóm khác trong và ngoài khoa nên việc đặt để tâm huyết 100% vào các hoạt động cũng là một điều khó.

Kinh phí cũng là một vấn đề cần quan tâm và nên có phương án giải quyết.

Các Chi đoàn có số lượng ĐVTN đông nhưng chia chuyên ngành dẫn đến khó khăn huy động.

Các Chi đoàn có số lượng ĐVTN ít nên đa số các bạn khi không tham gia thì Chi đoàn không đủ tỉ lệ ĐVTN.

ĐVTN chưa tích cực đóng góp và tham gia vào hoạt động chung của Đoàn khoa, chưa tích cực tìm hiểu thông tin.

ĐVTN dù đã được tổ chức những buổi định hướng và thông tin nhưng vẫn còn trường hợp hiểu sai về các tư tưởng, các thông tin từ Đoàn khoa.

Có Chi đoàn đã đi làm và vào thực tập tốt nghiệp, do đó sẽ ngưng hoạt động và thường khó tiếp nhận thông tin triển khai từ Đoàn khoa.

Từ các khó khăn trên nên các buổi sinh hoạt từ Chi đoàn thì Đoàn khoa nhận định chưa được hiệu quả để mang lại một kết quả cuối và chưa đưa ra được giải pháp hiệu quả.