Tots els jugadors comencen amb la mateixa quantitat de punts de vida i la quantitat de punts d'armadura que van aconseguir conservar durant la ronda anterior sempre que no en comprin una de nova. Quan els danys són causats pels trets dels seus adversaris o els seus companys -si hi ha foc amic- (els companys causen menys dany, però poden matar igualment), així com per una caiguda violenta, els punts de vida del jugador disminueixen. Els trets es poden localitzar en diferents parts del cos (braç dret i esquerre, cama dreta i esquerra, tors, i cap), i causen més o menys danys segons el lloc afectat, sabent que un tret al cap o headshot (en anglès) és sovint mortal.^[2] La pèrdua de punts de vida sol causa una petita disminució en els moviments del terrorista o de l'antiterrorista que hagi rebut el dany. Quan la totalitat dels punts de vida s'acaben, el jugador mor.

Contràriament a la majoria dels de jocs d'acció en primera persona en línia basats en el deathmatch, en el qual els jugadors morts ressusciten immediatament després de la mort, a Counter-Strike en morir han d'esperar que acabi la ronda següent en mode espectador, i tornen a aparèixer en la següent.

Als mapes oficials s'equipa el jugador bàsicament d'una pistola i d'un ganivet.^[3] El jugador també pot comprar altres armes i equipaments útils com una armilla antibales, granades, equips de desactivació de bombes, ulleres de visió nocturna, etc.; tot depenent de les condicions del joc, durant un període limitat de temps i a les zones previstes a tal efecte. Al principi del joc el jugador té la possibilitat d'elegir el seu equip: terrorista o antiterrorista dins del límit dels llocs disponibles o elegir ser espectador. Si un equip posseeix molts més jugadors que l'altre un autoequilibri pot tenir lloc en la següent ronda si es configura el servidor per a això; qualsevol sigui el seu equip el jugador comença amb 800 $ (quantitat per defecte). Durant les rondes el jugador guanya diners si mata un enemic, si compleix un objectiu, si el seu equip guanya la ronda, si col·loca la bomba i aquesta esclata, si allibera un ostatge o si li demana seguir-lo. Un jugador pot perdre també els diners si mata un dels seus companys o un ostatge. En qualsevol cas al principi de la ronda el jugador sempre guanya diners, excepte en cas d'empat. La suma de diners màxima és de 16.000 $.

La finalitat de les partides és el resultat individual del jugador. Aquest té en compte el nombre de frags i el nombre de morts. Els frags a Counter-Strike són lleugerament diferents d'altres jocs d'acció en primera persona; aquests augmenten en el joc de dues maneres, matant els seus adversaris i completant els objectius del joc. Així per exemple un enemic mort dóna un frag al que l'ha matat, una explosió o una desactivació de bomba donen tres frags. El suïcidi, l'assassinat d'un company i el canvi d'equip són penalitzats amb un punt menys. El nombre de morts correspon per la seva part a les vegades que el jugador va morir, les quals no afecten el seu nombre de frags.

Les situacions restants són assassinat i escapada. En el primer un dels membres de l'equip antiterrorista pren aleatòriament el lloc d'un Vip sent el principal objectiu dels antiterroristes salvaguardar la vida d'aquest personatge fins a una zona definida del mapa. Si els terroristes eliminen el Vip els antiterroristes perden la ronda. El Vip és únic i la seva aparença no s'assembla a cap dels altres personatges pel que és fàcilment localitzable pels terroristes. El Vip disposa d'una pistola i un ganivet, d'una armilla antibales i de 200 punts d'armadura,100 més que un altre jugador i d'un casc, però no podrà comprar ni recollir cap arma o equipament (excepte escuts tàctics). Quant al mode d'escapada, els terroristes defensen i els antiterroristes ataquen. En aquests mapes els terroristes han d'escapar per certs punts de sortida (variables segons el mapa) i els antiterroristes ho han d'evitar. Els terroristes no podran comprar armes, sol recollir les que estan escampades per certs punts del mapa. Si almenys un 50% de l'equip triomfa en fugir l'equip terrorista guanya la ronda.

A més d'aquests quatre tipus de mapes existeixen altres nombrosos mapes creats pels jugadors que tenen la possibilitat de crear els seus mapes gràcies al Valve Hammer Editor, existeixen vint-i-dos mapes oficials realitzats pels desenvolupadors del joc: as_oilrig, cs_747, cs_assault, cs_backalley, cs_estate, cs_havana, cs_italy, cs_militia, cs_office, cs_siege, de_airstrip, de_aztec, de_cbble, de_château, de_dust, de_dust2, de_inferno, de_nuke, de_piranesi, de_prodigy, de_storm, de_survivor, de_torn, de_train i de_vertigo.^[5] Aquests mapes es destaquen pels seus costats tàctics i assíduament estudiats així com el perfecte equilibri entre els dos camps de joc.^[6]

En el camp dels antiterroristes el jugador pot elegir entre els quatre grups: el Groupe d'Intervention de la Gendarmerie Nationale (GIGN); la Special Air Service (SAS); els Seal Team 6 i el Gsg 9. Per la seva part, el camp dels terroristes està constituït per quatre grups ficticis: Els L337 Krew, els Artic Avengers, els Guerrilla Warfare i els Phoenix Connexion. A Counter-Strike hi ha també un altre grup de personatges que apareixen només en una situació són els ostatges que són personatges als quals els antiterrorista han de rescatar-los als mapes de tipus "cs_" a fi de poder guanyar i aconseguir diners. Són en general quatre i aquests estan controlats pel servidor o la computadora.