Como se menciono anteriormente, la mayoría de los organismos de derechos humanos argentinos nacieron durante la última dictadura militar, cómo órganos de denuncia a las violaciones cometidas por el gobierno, y de apoyo a familiares y víctimas. Una vez llegada la democracia, los organismos se dedicaron a luchar por la verdad y la justicia, para lo cual el Juicio a las Juntas fue un hito importante dadas las connotaciones y el impulso que las manifestaciones por los Derechos Humanos comenzaron a tener en una sociedad argentina en plena transición democrática. No obstante, los retrocesos en este transcurso, con su expresión más patente en las conocidas "Leyes del olvido" del Alfonsinismo y el Menemismo, las cuales postergaron determinadas actuaciones judiciales contra participantes activos de la sistemática represión, hacen de estos pedidos de Verdad y Justicia todavía una bandera.

El Día Nacional de la Memoria por la Verdad y la Justicia es el día en el que se conmemora en Argentina a las muertes de civiles producidas por la última dictadura militar que gobernó el país, anualmente el 24 de marzo en recuerdo del mismo día de 1976, fecha en la que se produjo el golpe de Estado. El 2 de agosto de 2002 el Congreso de la Nación Argentina promulgó la ley 25.633 creando al Día Nacional de la Memoria por la Verdad y la Justicia con el fin de conmemorar a las víctimas, pero sin darle categoría de día no laborable. Tres años después, durante la gestión del presidente Néstor Kirchner , se impulsó desde el mismo Poder Ejecutivo Nacional que la fecha se convirtiera en un día no laborable.

El gobierno radical ordenó el juzgamiento de los principales responsables del terrorismo de estado en el llamado Juicio a las Juntas, con la participación destacada del fiscal, Julio César Strassera. Su sentencia condenó a los integrantes de las Juntas Militares a penas por delitos de lesa humanidad, incluyendo la reclusión perpetua de los principales responsables (El Gral. Jorge Rafael Videla y el almirante Emilio Massera que fueron condenados a cadena perpetua). Era la primera vez que se enjuiciaba a quienes detentaron la suma del poder público sin más armas que las leyes. Se los enjuició por los mismos tribunales que pueden enjuiciar a cualquier ciudadano. Éste fue un hecho único en el mundo que sentó precedentes para que se incluyera en el Código Penal la figura de la desaparición forzada de personas, imitada por varios países y que logró a la vez que la ONU la declarara delito de lesa humanidad. Sin embargo, cediendo a las presiones de sectores militares (y también de algunos sectores civiles), al año siguiente del histórico juicio a los principales jefes militares, el gobierno de Raúl Alfonsín promovió la Ley de Punto Finalque fijaba un plazo de 30 días para receptar las acusaciones contra militares en la Justicia por violación de los derechos humanos.

La "desaparición" fue la fórmula más siniestra de la "guerra sucia": el "objetivo" era secuestrado ("chupado") por un comando paramilitar ("grupo de tareas" o "patota") donde, convertido en un número y sin ninguna garantía legal, quedaba a merced de sus captores. La desaparición de personas fue un programa de acción, planificada con anticipación, estableciéndose los métodos por los cuales llevarlo a la práctica: Arrojando a los "desaparecidos" al Río de la Plata (previa aplicación de sedantes) desde aviones o helicópteros militares y en fosas comunes; fusilamientos y ocultamiento de cadáveres, sin ningún tipo de identificación.

Los represores secuestraban a los que consideraban "subversivos". Este termino englobaba a las organizaciones guerrilleras (prácticamente ya extinguidas en marzo de 1976) pero también a los activistas o simpatizantes de cualquier movimiento de protesta o crítica social: obreros, universitarios, comerciantes, profesionales, intelectuales, sacerdotes, empresarios y más. “Un terrorista no es sólo alguien con un revólver o una bomba, sino también aquel que propaga ideas contrarias a la civilización occidental y cristiana”Gral. Videla. 

Los secuestros se realizaban generalmente a altas horas de la noche. Entraban al domicilio de la persona, se apoderaban del “señalado", lo tabicaban (le vendaban los ojos), se los encapuchaba, muchas veces se lo torturaban delante de sus hijos (que después, eran dejados con algún vecino, familiar o solos; en otras ocasiones eran llevados con sus padres a los centros clandestinos, para que después sean, en muchos casos, adoptados por algún represor). Luego, eran introducidos en vehículos (generalmente los vehículos eran de modelo Falcón, y de color verde), parte de ellos conseguidos en los operativos de secuestro, como botín de guerra.

De allí partían hacia alguno de los centros clandestinos. Y pasaban a ser miles de hombres, mujeres y niños de distintas edades y ocupaciones, integrando una categoría dentro de la población de carácter "tétrico" llamado "los desaparecidos".

En los centros clandestinos de detención y torturas, en estos laboratorios del horror, se detenía, se torturaba y se asesinaba a personas. Se encontraban en el propio centro de las ciudades del país, con nombres tristemente famosos, como la ESMA, el Vesubio, El Garage Olimpo, El Pozo de Banfield o La Perla. Existieron 340 distribuidos por todo el territorio. Locales civiles, dependencias policiales o de las propias fuerzas armadas fueron acondicionados para funcionar como centros clandestinos. Estas cárceles clandestinas tenían una estructura similar: una zona dedicada a los interrogatorios y tortura, y otra, donde permanecían los secuestrados. Ser secuestrado o "chupado", según la jerga represora, significaba ser fusilado o ser arrojado al río desde un avión o helicóptero.

En los primeros meses, la magnitud de la represión, la ausencia de denuncias o acciones por parte de los partidos políticos, de los sindicatos, de la iglesia y de la prensa colocaron a la ciudadanía en una situación de completa indefensión. El estupor, el miedo, las parálisis y la inacción se extendieron. Se producía una sociedad de miedo. Poco a poco, a pesar de las medidas autoritarias y de las amenazas, a pesar de los secuestros y las desapariciones, muy lentamente comenzaron a escucharse algunas voces de protesta. Desde la ética y los principios, los sujetos reclamaban por sus derechos individuales. Se trataba de superar el silencio.

Primero fueron denuncias aisladas, búsquedas individuales. Luego un conjunto de organismos de defensa de los Derechos Humanos comenzó a hacer denuncias públicas en el país y en el exterior. La mayoría de estos organismos se fundaron como consecuencia de la magnitud de la represión. Otros ya tenían historia en nuestro país. Entre ellas se destacaron la Liga Argentina por los Derechos Humanos, fundada en 1937, El Servicio Paz y Justicia, desde 1974, La Asamblea Permanente por los Derechos Humanos, que se conformó en febrero de 1976, Familiares Desaparecidos y Detenidos por Razones Políticas, que se crea en 1976 con familiares que fueron encontrándose en las visitas a las cárceles o en trámites diversos en juzgados, comisarías, Ministerios del Interior, la Organización de Madres de Plaza de Mayo, que comienza a reunirse desde 1977 y a reclamar por sus hijos desaparecidos, las Madres de Plaza de Mayo-Línea Fundadora, que es un grupo que se escindió del movimiento original de Madres en enero de 1986 con el retorno de la democracia, las Abuelas de Plaza de Mayo, que se constituyeron en 1977 encaminadas a la búsqueda de los niños desaparecidos para restituirlos a sus legítimas familias, el Centro de Estudios Legales y sociales, que surge en marzo de 1980 con un programa de apoyo legal y sistematización de la documentación que sirvió de apoyatura a las denuncias y la fundación H.I.J.O.S ( los Hijos por la Identidad, la Justicia, contra el Olvido y el Silencio), que se empezaron a reunir en febrero de 1995. 

A mediados de 1.979 llegó a Buenos Aires la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH). Ante las pruebas acumuladas sobre la ESMA, se prefirió neutralizar la visita del CIDH a la escuela. Algunos prisioneros fueron trasladados a una quinta en el norte de Buenos Aires, otros a una isla en el Tigre donde permanecieron un mes aproximadamente. Casi 60 prisioneros políticos estuvieron en una isla cercana al río Paraná, llamada "El Descanso".

El gobierno secuestró, torturó y ejecutó clandestinamente a decenas de miles de personas, sospechadas de ser guerrilleros o activistas civiles sin relación con las organizaciones armadas y estableció centros clandestinos de detención para llevar a cabo estas tareas. Las personas detenidas en estos centros clandestinos fueron conocidos como «los desaparecidos» y gran cantidad de ellos fueron ejecutados y enterrados en fosas comunes o arrojados al mar desde aviones militares. Otro perverso mecanismo implementado fue el de la apropiación de los bebés de madres en cautiverio por parte de la misma estructura militar. De esos más de 500 niños apropiados, casi 100 ya han recobrado su verdadera identidad gracias a la labor de las Abuelas de Plaza de Mayo.