El estudio abordó la controversia sobre las relaciones profundas de los Metazoa, cuestionando estudios previos que ubicaban a Ctenophora como el linaje más basal. Para evitar sesgos por ramas largas y mejorar la resolución filogenética, ampliaron el muestreo de taxones incluyendo más esponjas, cnidarios, un ctenóforo adicional y placozoos, y utilizaron coanoflagelados como exogrupo, además de depurar las alineaciones eliminando errores. Los resultados mostraron a Porifera como el grupo basal monofilético, sugiriendo que la posición basal de Ctenophora en estudios anteriores pudo deberse a sesgos de muestreo. Aunque confirmaron la monofilia de Ctenophora y Cnidaria, las relaciones con Placozoa y Bilateria tuvieron bajo soporte, destacando que un muestreo más amplio y un análisis riguroso son clave para resolver las relaciones no bilaterianas.

Se demostro que un muestreo taxonómico más amplio y un análisis riguroso corrigen sesgos previos, ubicando a Porifera como el grupo basal de los Metazoa. Así, la posición basal de Ctenophora en estudios anteriores fue probablemente un artefacto por muestreo insuficiente.

El estudio analiza si las esponjas o los ctenóforos son el grupo hermano de todos los demás animales, usando sintenia cromosómica como base para el análisis. A partir de genomas completos de ctenóforo, esponjas y parientes unicelulares, se halló que los ctenóforos conservan el estado cromosómico ancestral, mientras que esponjas, cnidarios, placozoos y bilaterales comparten reordenamientos derivados. Esto respalda la hipótesis “ctenóforo-hermano” y no la “esponja-hermano”. Evolutivamente, sugiere que sistemas neuronales y musculares pudieron originarse varias veces o perderse en esponjas, esto obliga a replantearse la visión del ancestro común animal.

Con los avances en la ciencia se pudieron presentar nuevas evidencias moleculares que soportan nuevas hipótesis sobre el origen de los animales, en este papel se incluyen las relaciones cercanas que se lograron encontrar entre los animales de muda; y los lofóforos, con moluscos y anélidos. Los avances en la filogenia también prometen ayudar a tener mejor fundamentación y soporte en cuando a comprobar las relaciones evolutivas entre organismos. Se menciona que se presentan 39.9 MB (Mega bites) de ESTs (expressed sequence tags), 29 animales pertenecientes a 21 filos, incluyendo 11 que carecían de información previa expresada en ESTs. Se verifico y se hizo una examinación cruzada entre los clados previamente identificados (incluyendo Protostomia, Ecdysozoa y Lophotrochozoa) y así resolviendo varios problemas antes generados, como la clasificación de los gusanos aterciopelados, y no los tardígrados como grupo hermano de los También se encontraron datos para apoyar hipótesis tales como unir clados como anélida, con nemertinos, forónidos, y braquiópodos; los moluscos son grupo hermano de este conjunto. Y en este caso se coloca a ctenófora como los primeros animales multicelulares divergentes.

Se menciona que para ese entonces los estudios eran realizados usando ESTs con 140 genes de 34 metazoos analizados (animales multicelulares), estos análisis también se realizaron usando proteínas ribosómicas o genes que se identificaron usando datos de ESTs de coanoflagelados, conectándolos con homologías. En el estudio realizado se usaron métodos de selección de genes específicos y no genes predefinidos. En la matriz del estudio se presentan 77 taxones (de los cuales 71 son metazoos) y 150 genes.

Los primeros análisis de los 77 taxones, abarcan a Metazoa, Bilateria y Protostomia (90% apoyo), mostrando una mejora que en estudios anteriores donde no cubren a Protostomia (es en este único estudio donde se concluyó una rápida ramificación de los metazoos). Puede que sea debido a la falta de muestreo.  Se menciona que, en el estudio realizado con los 77 taxones, Deuterostomia, con un 80% de Bootstrap. Y se encontró que Xenoturbella es grupo hermano de Ambulacracia. Datos soportados con 3840 ESTs de este estudio mas 1372 ESTs de estudios previos.

Los celomados que era un grupo muy aceptado con anterioridad, se muestra en este estudio que la evidencia presentada anteriormente era carente de datos y de muestreo eficiente. Durante el proceso de investigación y revisión de los taxones, se dieron cuenta que estos tenían incongruencias e inestabilidades, por lo cual en esta investigación realizada en 2008 se basaron en características cuantitativas, por lo cual se logro llegar a 64 taxones estables y 13 con inestabilidad (Entoprocta, Myzostomida, y esponjas Suberites), esto se debe a que hay poco muestreo, lo que no permite construir arboles filogenéticos correctos. Dentro de las correcciones, se mencionan las nuevas organizaciones que se han descubierto, como, por ejemplo, el caso de los tardígrados (osos de agua) están más relacionados con los nematodos que con los artrópodos como se les consideraba antes de ese estudio. Ahora con respecto a los ctenóforos (medusas peine) se propone como grupo hermano de los metazoos, datos que quedaron a investigaciones previas por corroborar; se requerían más datos de placozoos y esponjas. Se respalda ahora que los ctenóforos evolucionaron diferente que las esponjas, se respalda la hipótesis con análisis ribosómico.

El estudio se enfoca en resolver la controversia sobre las relaciones evolutivas de los animales más antiguos (Metazoa). Utilizando datos de filogenómica de 128 genes (que incluyen esponjas, ctenóforos, cnidarios, un placozoo y 22 bilaterianos) y 11 grupos externos (como coanoflagelados y hongos), el estudio busca evitar un error metodológico conocido como atracción de ramas largas (LBA) para refutar la hipótesis de que los ctenóforos son el grupo basal. En su lugar, el análisis muestra que las esponjas (Porifera) son un grupo monofilético, consolidando su posición como el linaje más basal del árbol animal, Adicional a esto, el estudio sugiere que los ctenóforos tienen una relación más cercana con los cnidarios, formando un grupo que los autores denominan Coelenterata (Ctenophora + Cnidaria), lo que revierte la visión filogenética anterior.

La hipótesis anterior, que ubicaba a Ctenophora en esa posición, se atribuye a un error metodológico, lo que demuestra la importancia de un muestreo y un análisis rigurosos para determinar las relaciones evolutivas.

Los análisis con el modelo evolutivo heterogéneo por sitio CAT (óptimo para evitar artificios de atracción de ramas largas - LBA) apoyan sólidamente que Porifera es el grupo hermano de todos los demás metazoos; mientras que los ctenóforos emergen como el segundo linaje divergente, seguidos por placozoos, y luego cnidarios + bilaterios.

Las topologías previas que apoyaban a Ctenophora como grupo hermano de metazoos se atribuyen a artificios de LBA, empeorados por el uso de “modelos evolutivos homogéneos por sitio” inadecuados, “muestreo taxonómico limitado”, y por “calidad insuficiente de datos” en estudios automatizados previos.

La ausencia de intestino, neuronas, sinapsis y músculos en esponjas es más parsimoniosamente interpretada como “plesiomórfica” (ancestral en metazoos), apoyando la visión clásica de un único origen de estos rasgos en eumetazoos (ctenóforos, cnidarios, y bilaterios).

Entre los principales hallazgos se mencionan:

1) Modelos evolutivos inadecuados; en los estudios previos utilizaron principalmente modelos de sustitución de aminoácidos “homogéneos por sitio” simplistas. Al aplicar modelos “heterogéneos por sitio” más realistas (CAT, CAT-GTR), que manejan mejor la evolución convergente, desaparece el apoyo a Ctenophora-sister.

2) Elección inapropiada de grupos externos; debido a la inclusión de grupos externos muy distantes (como Hongos) atrajo artificialmente a los ctenóforos (ramas largas) hacia la raíz del árbol. Al restringir los grupos externos a los más cercanos (como coanoflagelados), se recupera consistentemente la hipótesis tradicional (Porifera-sister: esponjas como grupo hermano).

3) Sesgo en contenido génico; el análisis de presencia/ausencia de genes de Ryan et al. (2013) no corrigió el sesgo por excluir genes presentes en menos de dos especies. Al corregirlo, el apoyo a Ctenophora-sister desaparece y emerge un fuerte apoyo a Porifera-sister.

Los autores identifican dos causas principales para estos problemas:

Señales filogenéticas débiles, que aparecen cuando las especies se separaron en periodos de tiempo muy cercanos. Esto deja ramas internas muy cortas en el árbol evolutivo y poca información para diferenciarlas.

Señales no filogenéticas o “ruido”, que son errores sistemáticos que pueden distorsionar el árbol. Estas señales falsas pueden surgir por identificar mal genes ortólogos (genes que vienen de un mismo ancestro), por alineamientos incorrectos de secuencias, por saturación (cuando ha habido tantos cambios que es difícil saber el orden real de los eventos), o por artefactos como la atracción de ramas largas (LBA), donde especies con evolución rápida se agrupan erróneamente con especies lejanas.

Para reducir estos problemas, los autores proponen varias estrategias:

Elegir genes adecuados, es decir, genes que estén poco saturados y que realmente sean ortólogos.

Usar modelos evolutivos más realistas y complejos, que tengan en cuenta variaciones en el ritmo y patrón de evolución entre las diferentes posiciones de una secuencia, lo que ayuda a detectar mejor cambios repetidos y evita errores.

Ampliar y equilibrar el muestreo de especies, incluyendo tanto especies de evolución lenta como grupos externos cercanos (outgroups), lo que mejora la precisión al romper “ramas largas” y distribuir mejor la información.

Revisar cuidadosamente los datos, incluso de forma manual, para detectar errores de secuenciación, contaminaciones o confusiones de especies.

El estudio muestra que muchas de las diferencias entre tres investigaciones previas sobre los primeros animales no se debieron a la cantidad de genes analizados, sino a la calidad de los datos, al tipo y número de especies incluidas y al modelo de evolución usado. Al corregir los errores y ajustar el muestreo, la mayoría de las incongruencias desaparecieron, aunque algunos puntos del árbol evolutivo siguen sin estar resueltos porque la señal real es muy escasa.