I lavori tesi alla modifica della vecchia chiesa presero il via nel 1431.numerosi artigiani veneti e locali vi lavorarono, secondo lo stile  gotico.

Nel 1441 il gran consiglio cittadino affidò il lavoro a Giorgio Orsini.

Egli può essere considerato il vero artefice della cattedrale ; Orsini infatti la ampliò con una navata laterale e gli absidi, aggiunse una cupola, il portale riccamente scolpito e varie sculture, tra cui 71 piccole teste umane sulle parti laterali, e un battistero, il tutto in pietra. 

Lo stile dell’Orsini e’ tipico del Rinascimento Adriatico, che è caratterizzato dall’armonica fusione di elementi formali di gotico fiorito inseriti in una struttura rinascimentale.

Tra il 1475 ed il 1536 il lavoro venne proseguito dal maestro toscano Niccolò di Giovanni Fiorentino. Proseguì nella costruzione in stile rinascimentale, completata la cupola  e le sculture esterne raffiguranti San Giovanni e San Marco,  il tetto e la parte  superiore della facciata. Costruì anche il triforo (gallerie parallele) e lavoro’ sul presbiterio ed il santuario. Dopo la morte di Fiorentino nel 1505 la costruzione venne terminata da un altro gruppo di artigiani veneziani. 

Cupola e chiesa vennero danneggiate dalle forze serbe supportate dall’Armata Popolare jugoslava dal bombardamento del settembre 1991. Negli anni successivi venne riparata. All’inizio del 2008  venne vandalizzata da nazionalisti serbi che con le bombolette disegnarono la croce serba sull’edificio.

 

È un bene protetto dall’ Unesco dal 2000 e non è in pericolo.