Fue en respuesta a la sublevación de los moriscos por el incumplimiento de las Capitulaciones de Santa Fe que dictaban que la Madraza continuaría a ser una biblioteca. Una vez expoliada y clausurada, el edificio de la Madraza fue donado por Fernando II de Aragón, en 1500, para el Cabildo.

En efecto, los Reyes Católicos convirtieron la construcción en Ayuntamiento y también realizaron modificaciones: aprovecharon una edificación aneja y desde 1500 hasta 1513 transformaron el oratorio octogonal de la Universidad en capilla.

Fue un trabajo muy pesado, que llevó siete años, de 1722 a 1729!

Solo a mediados de siglo XX fue pasada a manos del Estado, que lo adquirió con la intención de crear allí el Instituto de los Reyes Católicos del Consejo Superior de Investigaciones Científicas, proyecto que nunca llegó a materializarse por completo.

Sin embargo, su barroquización contribuyó mayormente en su actual fisionomía y demolió los restos de la construcción árabe.

 

Un arco con forma de herradura da acceso al mihrab, que es el único espacio del edificio islámico que aún se conserva y que cuyo interior está decorado como la Alhambra. Su cúpula octogonal se destaca por su increíble belleza, aunque ha tenido que ser restaurada en varias ocasiones por el deterioro que presentaba.

Después de la construcción del palacio barroco alrededor del patio, fueron añadidas galerías de arcos sobre columnas toscanas. 

Además, la caja de escaleras fue cubierta por una cúpula  de media naranja decorado en estilo churrigueresco.

En el piso superior se encuentra el Salón de Caballeros XXIV, donde se reunían los ediles del Ayuntamiento. Aquí se conserva el valiosísimo cuadro de la Virgen de la Rosa, que había estado primero en la Catedral y luego en la Puerta de Bib Rambla.