Existen factores que afectan el desarrollo del cafeto en la etapa de almácigo como la proliferación del hongo Rhizoctonia solani el cual es la principal enfermedad del café en la etapa del germinador, para prevenirla se recomienda utilizar como sustrato arena lavada de rio con el fungicida trabendazol (Mertec). También se debe ajustar las chapolas en la bolsa para evitar malformación en la parte radicular (Cenicafé). 

El germinador debe construirse bajo las instrucciones técnicas dadas por Cenicafé en el articulo n° 368 y de igual forma el almácigo se debe construir bajo las instrucciones técnicas del artículo 404 y por ultimo no se recomendado sembrar materiales en estado de fosforo ni almacenar la semilla por más de seis meses (Cenicafé). 

Para la recolección de la semilla de los lotes es necesario contar con personal calificado, canastos limpios, recolectar los mejores frutos del área intermedia de la planta cuando halla alcanzado un porcentaje de maduración del 85 % y se debe regar el semillero usando una medida adecuada dependiendo de la humedad relativa no regar en exceso para evitar la aparición de hongos y la pudrición de las raíces. Se recomienda regar con microaspersión para que las plántulas no presenten daños físicos (MOCCA). 

El semillero debe ser construido sobre topografía plana o ligeramente inclinado con drenajes y cubierta para prevenir los rayos directos del sol. Una vez estén listas las bolsas para germinar se deberán colocar en hileras dobles dejando de 40 y 50 cm de calle. En campo las bolsas se deben enterrar de acuerdo a la temperatura y humedad del ambiente del suelo (MOCCA).