Essa unificação trouxe consequências para as colônias americanas, principalmente no Brasil. Os holandeses eram inimigos dos espanhóis, de quem se separaram por causa da sua independência, e aproveitaram a unificação das duas coroas para invadir o Nordeste brasileiro e dominar as técnicas de produção açucareira.

Filipe II, rei espanhol, reivindicou o trono português alegando parentesco distante com rei d. Sebastião. A nobreza portuguesa apoiou a coroação de Filipe II como o novo rei português. O exército espanhol invadiu Portugal, derrotou as pequenas resistências ao novo rei, e, em 1580, o rei da Espanha se tornava também o rei de Portugal. Começava a União Ibérica, que tem esse nome por causa da península onde estão situados os dois reinos.

Ao assumir o reino português, Filipe II não fez grandes mudanças na administração e manteve os portugueses nos cargos públicos de Portugal e das colônias portuguesas, como o Brasil. Dessa forma, o novo rei evitava conflitos internos e mantinha a coesão das duas coroas em torno de si.

Maurício de Nassau ficou no Brasil até 1644, quando retornou para a Holanda após desentendimentos com a Companhia das Índias Ocidentais. A saída de Nassau e a reconquista portuguesa desencadearam os conflitos que levaram à expulsão definitiva dos holandeses do Brasil.