José Agustín Arango, político istmeño, empezó a trabajar en secreto en la preparación del movimiento separatista. Una junta revolucionaria clandestina se formó en torno suyo para planificar una revolución destinada a consolidar la separación del Istmo de la soberanía colombiana, para negociar directamente con Estados Unidos la construcción del canal. La red conspirativa estaba conformada aparte del propio Arango, por Manuel Amador Guerrero, médico; Nicanor de Obarrio, militar y general del ejército colombiano y por otros como Ricardo Arias, Federico Boyd, Carlos Constantino Arosemena, Tomás Arias, Isabelina Rojas y Manuel Espinosa Batista. Pero la parte operativa, la de mayor riesgo, le tocó a Amador Guerrero, quien viajó a Estados Unidos en busca de apoyo para el plan, ya que las fuerzas norteamericanas habían ayudado en el pasado al ejército colombiano.^{[cita requerida]} También obtuvo en Panamá el apoyo de importantes jefes liberales y el apoyo del comandante militar Esteban Huertas.

Una vez llegados a ciudad de Panamá, Juan B. Tovar y sus otros oficiales fueron arrestados por instrucciones del general Esteban Huertas, quien estaba al mando del Batallón Colombia, cuya jefatura pretendía reemplazar al recién llegado general

Para el 18 de noviembre de ese mismo año, el secretario de Estado norteamericano, John Milton Hay, firma en unión de Phillipe Bunau-Varilla un tratado para la construcción del Canal de Panamá, aunque fue muy controvertido por la celeridad con que fue aprobado y porque Bunau-Varilla se había propuesto a sí mismo como representante del gobierno panameño. El tratado fue ratificado después por la Junta Provisional de Gobierno de Panamá y por el Senado de Estados Unidos.

En Colombia, la noticia de la separación de Panamá no fue conocida hasta el 6 de noviembre en Bogotá. La razón dada para explicar el atraso fue que el cable submarino que hacía posible las comunicaciones entre las dos regiones se había dañado en esos días.