Al restablecerse el sistema electoral en 1958 —previa anulación de la Constitución de 1949— el peronismo intentó participar en las elecciones por medio de partidos llamados "neoperonistas", pero éstos también sufrieron sistemáticas obstrucciones en el camino a las urnas. De modo que Perón optó por pactar con Arturo Frondizi los votos peronistas a cambio del respeto por los sindicatos peronistas y la rehabilitación del Partido. Con los votos peronistas, Frondizi accedió a la presidencia, pero cumplió solo parcialmente sus compromisos y persiguió a los dirigentes políticos y gremiales peronistas. Una vez vencida la resistencia inicial de los sindicalistas más combativos, permitió a los partidos neoperonistas participar en las elecciones de 1962. El triunfo peronista en la mayor parte de las provincias llevó al derrocamiento de Frondizi y la reanudación de la persecución del peronismo.

Desde 1960, Perón estaba en España, desde donde conducía el Movimiento Peronista. En las elecciones presidenciales de 1963, los neoperonistas —que quisieron presentarse aliados al partido de Frondizi y al Partido Conservador Popular— fueron nuevamente impedidos de participar, por lo que Perón ordenó el voto en blanco. Dos millones de votantes lo hicieron en blanco, y el presidente radical Arturo Illia fue elegido con sólo el 25% de los votos emitidos.

El gobierno de Illia redujo la persecución contra el peronismo, pero mantuvo la prohibición de que Perón regresara al país y que los sindicatos -mayoritariamente peronistas- apoyaran alguna corriente política.​ En octubre de 1964 el Congreso Nacional derogó el Decreto Ley 4161 de 1956 que castigaba con la cárcel la promoción de las ideas y símbolos peronistas, y poco después sancionó la Ley N.º 16.652 de Partidos Políticos, sin incluir una prohibición explícita del peronismo, ni del comunismo.​ Simultáneamente, Perón emprendió su regreso al país el 2 de diciembre de 1964, pero Illia lo impidió solicitando a la dictadura brasileña que lo detuviera al hacer escala en Río de Janeiro y lo obligara a regresar a España. El gobierno convocó entonces a elecciones legislativas para el 14 de marzo de 1965.

En esas circunstancias Perón ordenó crear un nuevo partido, llamado por primera vez Partido Justicialista (PJ), como única expresión legal del peronismo. La campaña de afiliaciones del nuevo partido fue organizada por las 62 Organizaciones, que luego de la normalización de la CGT se había reformulado como instancia orgánica de la rama sindical del movimiento peronista.​ Pero a la hora de realizar la inscripción, la justicia electoral prohibió nuevamente al PJ argumentando que había una "…identidad vital y dependencia sociológica del Partido Justicialista con el Movimiento o Partido Peronista".​ Solo en Mendoza pudo el peronismo presentarse bajo el nombre de Partido Justicialista.

Ante la nueva prohibición, el peronismo se presentó a las elecciones legislativas de 1965 con el nombre de Unión Popular, pero sus candidatos fueron enteramente nombrados por el Partido Justicialistas. Varios grupos neoperonistas pretendieron enfrentar al peronismo "oficial", pero sus resultados fueron muy pobres: la Unión Popular 3032186 votos, mientras los neoperonistas obtenían únicamente 318197 votos. Los radicales obtuvieron solamente 2724259, con lo que fueron ampliamente derrotados por los peronistas.

La larga dictadura que siguió al derrocamiento de Illia en 1966 disolvió todos los partidos y prohibió toda actividad política. Pero sus propios errores económicos y políticos, sumados a un alto grado de movilización sindical —no exclusivamente peronista— que generó revueltas masivas como el Cordobazo y la acción de los grupos guerrilleros de extrema izquierda —el ERP— o peronistas —en particular, Montoneros, obligaron a la dictadura a una salida electoral y la habilitación de los partidos políticos sin restricciones.

Desde su conformación, el Peronismo definió su vocación democrática tanto al defender la transparencia del sufragio,como al ampliar el sistema político en lo electoral hasta convertirlo en un régimen de “Participación total”. Incorporó además, en forma complementaria, una representación de las organizaciones económico-sociales y una movilización política permanente. Esto último constituyó una expresión democrática directa que buscaba el respaldo popular a la obra realizada por el gobierno.
Las elecciones sin fraude, el aumento de los derechos políticos incorporando a la ciudadanía plena a varios sectores, entre los que el más relevante fue el de las mujeres, la búsqueda de una “comunidad organizada” con los distintos integrantes de la sociedad autónomamente representados y la ocupación de plazas y calles para demostrar su vocación popular, fueron factores que necesariamente lo llevaron a proyectarse en el plano internacional de manera distinta y diferenciada. Esta forma de hacer política definió al gobierno peronista y, por eso, lo proyectó como una política exterior que mantuvo parte de la tradición diplomática argentina pero con innovaciones específicas propias de la nueva base social de sustentación, los trabajadores, y de la nueva orientación establecida al Estado, que acentuó el respeto a la autodeterminación de los pueblos.
Derechos de los trabajadores
Derechos y dignidad son dos elementos que definirán una particular relación entre la figura de Perón y  la base social del peronismo, los trabajadores. Esto se reflejó desde la retórica precisa y definitoria del “compañeros” y “descamisados” de los discursos de los principales protagonistas del período, hasta por la igualación de pautas de consumo con los sectores medios de la sociedad. Además esto último también se manifestó en la competencia en el uso de espacios de ocio y recreación. En el mismo sentido la fijación de derechos, que siempre constituye una garantía explícita para quien no los tenía y por tanto tenía menos poder, se convierte en una herramienta para la defensa y consolidación de la justicia social. Ello significó el desarrollo de una cultura, una organización y una serie de instrumentos que generaron una autonomía y diferenciación de los trabajadores, al mismo tiempo que una integración con el resto de los sectores sociales.
Esta dualidad no pudo resolverse en los 9 años de gestión gubernamental peronista, quedando una tensión abierta que los siguientes gobiernos tendieron a acentuar o atenuar, según la vocación por al justicia social que tuvieran. La “autonomía” así alcanzada es la que más demuestra la dignidad lograda por los trabajadores en nuestro país.