Los residuos sólidos son separados y recogidos igual que en los hogares, adaptando el tamaño de los contenedores (bolsas, compactadores…) al volumen de residuos generados, mediante bolsas negras que son depositadas en los contenedores de colores para cada residuo.

*  Materiales textiles mezclados con líquidos o fluidos corporales (ropa desechable de la cama). Dependiendo de la zona de donde provenga, en bolsas de diferentes colores.
* Material para la realización de análisis.
* Ropas de los pacientes con enfermedades no infecciosas.
* Material de curas, gasas, compresas, apósitos, pañales, yesos y vendas.
* Envases vacíos de perfusiones endovenosas.
* Sondas, catéteres, equipos de perfusión y diálisis.
* Material desechable utilizado para la obtención de líquidos corporales, bolsas vacías de diuresis y de ostomía, etc.
* Recipientes de recogida de muestras de pacientes no infecciosos.
* Todo tipo de material desechable que haya estado en contacto con pacientes con enfermedades no infecciosas.

Este tipo de residuos son los producidos como resultado de la actividad clínica. Se recogen en bolsas verdes. Son de mayor galga (densidad) que en las de Grupo I. Estos residuos requieren condiciones especiales de prevención, manipulación, recogida, almacenamiento y transporte en el interior de los centros para que sean asimilables a urbanos (Intercentro). Retirada por el Servicio Municipal de Recogida de Residuos Sólidos Urbanos, rigiéndose por la normativa que dicte el ayuntamiento correspondiente y por lo establecido en el PGIRS que tenga elaborado el centro sanitario.
En este grupo si hay establecidas unas características que deberán cumplir las bolsas y los recipientes envase:

* Infecciosos procedentes de pacientes con enfermedades infecciosas transmisibles, muestras y secreciones.
* Restos anatómicos humanos de no suficiente entidad que no se incluyen en el ámbito de aplicación del Reglamento de Policía Sanitaria Mortuoria: abortos hasta la 14ª semana de gestación o amputaciones o mutilaciones que afecten a extremidades o miembros a nivel de metacarpiano o metatarsiano, apéndices, órganos y víscera procedentes de operaciones quirúrgicas.
* Fluidos corporales, sangre y hemoderivados en forma líquida e independientemente de su volumen.
* Cultivos de agentes infecciosos y material en contacto con ellos.
* Restos de animales de centros experimentales y de investigación inoculados con algunos agentes infecciosos.

* Residuos generados en los laboratorios de anatomía patológica (restos de tejidos, órganos, etc.) e inmunología.
* Materiales y productos contaminados procedentes de quirófanos, paritorios, hemodiálisis, salas de aislamiento de pacientes infecciosos, y otros productos o materiales de características similares a estos.
* Material cortante o punzante que esté contaminado (agujas, bisturíes, lancetas).
* Vacunas de virus vivos y atenuados.
* Residuos infecciosos en materiales capaces de transmitir enfermedades infecciosas.

Esterilización y/o trituración e incineración.
Los residuos que sean cortantes y punzantes, como agujas de bisturí, estiletes y cualquier material metálico que pueda ser vehículo de transmisión de enfermedades, podrán ser tratados mediante esterilización en el mismo centro.
También se podrán eliminar como residuos asimilables a los municipales, siempre que hayan sido previamente tratados mediante esterilización por vapor caliente a presión por técnica de autoclave, es decir mediante acción desinfectante por proceso fraccionado de vapor al vacío.

El tratamiento y eliminación de los residuos citostáticos deberá atender a criterios de inocuidad, asepsia y salubridad con el fin de garantizar la eliminación de los gérmenes patógenos y la protección del medio ambiente. Se podrán eliminar mediante incineración, en hornos preparados para esta finalidad y estarán construidos con unas características técnicas definidas. Se ha de tener en cuenta que cuando se habla de incineración se refiere a incineración efectuada fuera del recinto sanitario y llevada acabo por empresas autorizadas que ofrezcan toda la garantía de no contaminar el medio ambiente. La eliminación de residuos citostáticos se realizará mediante neutralización química o incineración a una temperatura que pueda garantizar su destrucción.

En recipientes, contenedores y bidones de un solo uso, herméticos, rígidos o semirrígidos (no se podrán utilizar bolsas), resistentes a químicos y perforantes, homologados. Suelen ser de color rojo o azul. Los líquidos en bidones blancos totalmente opacos con logotipo y la frase 'Residuos Químicos Peligrosos' de polietileno, poliestireno, polipropileno que permitan la incineración completa, resistentes a la perforación, en ningún caso se podrán compactar, cierre hermético especial.

Radiactivos: contenedores metálicos con doble cierre hermético y asas para su traslado con logotipo y frase: 'Material Contaminado Químicamente. Precaución'

Citostáticos: con identificación externa ('Material Contaminado Químicamente. Citostáticos')
Este tipo de residuos, además de los logotipos, frases aviso, características de los recipientes que los contienen y pictogramas, deben de registrarse.

Restos Anatómicos: gestionado de acuerdo al Reglamento de Policía Sanitaria Mortuoria.

Neutralización química y/o incineración.

Radiactivos: La recogida y eliminación es competencia exclusiva de ENRESA (Empresa Nacional de Residuos Radiactivos, S.A.). 
Debe proporcionarse la información mínima requerida en los contenedores sanitarios y en los contenedores citotóxicos.

Nota: Los restos anatómicos se pueden incluir en el Grupo III y IV dependiendo de la entidad que posean. Esta circunstancia generó dudas a la hora de clasificar y eliminar este tipo de residuos. Si tenían suficiente entidad eran (y lo son) considerados Restos Humanos y serían eliminados según establece el Reglamento de Policía Sanitaria Mortuoria, y como tales eran incinerados en tanatorios o enterrados en fosas dispuestas a tales fines en cementerios municipales. En el caso de que no tuvieran suficiente entidad, se eliminarían como residuo Grupo III, en recipiente específico y haciéndose cargo el gestor de residuos autorizado. Este problema de interpretación se subsanó al publicarse el Decreto 132/2011 que modificaba al Decreto 104/2002 y que delimitó más precisamente qué debía considerarse como 'suficiente entidad': "Se considera que no tienen entidad suficiente abortos hasta la 14ª semana de gestación, amputaciones o mutilaciones que afecten a extremidades o miembros a nivel de metacarpiano o metatarsiano, apéndices, órganos y vísceras procedentes de operaciones quirúrgicas".

La gestión externa: incluye la recogida de los residuos, transporte, tratamiento y/o eliminación, es decir, una vez está fuera del centro en el que han sido generados.

En determinadas Comunidades Autónomas añaden en su normativa otros centros como establecimientos productores de residuos sanitarios: