El abasto de este recurso es amenazado por corredores industriales y especulación inmobiliaria, dice académica de la Universidad de Granada. De acuerdo con los últimos registros (de 2020) de la Comisión Nacional de Aguas (Conagua), el Valle de San Juan del Río y el Valle de Querétaro son los dos mantos acuíferos de Querétaro que tienen un mayor déficit de agua subterránea con 136 millones 262 mil metros cúbicos anuales y 63 millones 724 mil 840 metros cúbicos anuales, respectivamente; se trata de cantidades de agua que se están extrayendo a costa del almacenamiento no renovable del acuífero.  Los principales mantos acuíferos del estado de Querétaro ya no cuentan con disponibilidad de agua subterránea para otorgar nuevas concesiones; al contrario, existe un déficit de más de 246 millones de metros cúbicos de agua anuales, correspondientes al Valle de Querétaro, Valle de Amazcala, Valle de San Juan del Río, Valle de Buenavista, Valle de Tequisquiapan, Valle de Cadereyta, Tolimán y Valle de Huimilpan. 

Investigadores plantean que factores como el auge de la mancha urbana y la contaminación mantienen en fragilidad las tierras queretanas. Los constantes cambios en el uso de suelo agrícola y el crecimiento de la mancha urbana son dos causas que derivan en la degradación de suelos si no se planean apropiadamente. Los suelos de Querétaro son muy fértiles, pero generalmente someros y vulnerables a la degradación por contaminación o erosión que reducen la salud y fertilidad de los suelos. Factores como el cambio de uso de suelo, por la urbanización que vemos con el crecimiento en la ciudad de Querétaro alteran procesos clave en el funcionamiento del suelo. El suelo está siendo alterado de manera muy rápida, lo que lo vuelve frágil y un problema es que tarda mucho tiempo en recuperarse, de ahí que buscamos que haya mayor conciencia para una mejor toma de decisiones de los gobiernos para conservar más espacios naturales”, expresó Johana Hernández, quien forma parte del equipo de investigación en el Centro de Geociencias de la UNAM en Juriquilla.