Francisco de Montejo "El sobrino" decide regresar a Chauac Ha debido a la culminación de la 2da campaña de Chouac , y en ese mismo sitio funda Valladolid.

Los mayas de Cupul y de Cochuac se levantaron ante dicha ciudad, por lo que la ubicación de Valladolid fue trasladada a Zací.

Los jefes mayas propusieron obligar a los españoles para abandonar sus tierras. Españoles esperaron la oportunidad  de escapar bajo la noche, siendo perseguidos por guerreros Cupules.

Hubo deserción de españoles ya que se enteraron del oro en Perú; Montejo solicitó auxilio de la Audiencia de la nueva España. 

Por Francisco de Montejo, “el Mozo” en las Ruinas de T´ho, nombre que se debe a la similitud de aquellas antiguas edificaciones prehispánicas con las ruinas romanas que se conservan en la ciudad homónima de Extremadura, España.

Los mayas decidieron atacar sigilosamente en Salamanca de Campeche, lugar en el que los españoles residían; construyeron albarradas y acopiaron "armas y fuegos". La llegada de Blas González y otros jinetes salvaron a Montejo de ser capturado.

Después de un par de horas de combate, los españoles lograron rechazar el ataque.

Montejo, el hijo, una vez designado por su padre como teniente de gobernador y capitán general, arribó a Champotón; y a fines de 1540 trasladó el campamento a Campeche, en donde un año más tarde fundó la villa de San Francisco de Campeche bajo una municipalidad que abarcaría Champotón, Campeche y Ah Camul.

El "Mozo" y el “Sobrino” realizaron alianzas, sojuzgaron cacicazgos.

Organizados pripncipalmente por los Batabob, sacerdotes y los mayas de Cupul junto a los de Cochuah, Sotuta, Huaymil y Chactemal se levantaron en un tremendo esfuerzo para exterminar a los españoles; El movimiento se inició en Valladolid. Las acciones fueron tan sanguinarias que los españoles capturados eran crucificados en tono de sorna o directamente, sacrificados extrayéndoles el corazón.  Caciques y sacerdotes: líderes de la revuelta; fueron procesados y ejecutados; miles de mayas Cupules, de Cochuah, Uaymil y Chactemal quedaron sometidos a esclavitud, siendo reconquistados.

Alonso de Ávila es mandado a Kim-Pech, lugar que encontró casi abandonado debido a que los mayas se habían desplazado a la selva por la llegada de los españoles. Alonso de Ávila se encaminó a Champotón, siendo muy bien recibido por los habitantes.

En ese lugar los españoles fundaron San Pedro de Champotón, para así después Francisco de Montejo se reuniera con él en dicha ciudad.

Montejo decidió navegar hacia el sur por la costa hasta llegar al Río de Ulúa,Honduras; con lo que se dió cuenta que Yucatán no era Isla sino una península, por lo que regresó a la Nueva España por más refuerzos.

Gracias a Naum Pat, Montejo pudo atravesar las provincias, llegando a Mo-chi y luego a Belma. LLegaron a Chahuaca, y luego de ser atacados los mayas de Chahuacá se rindieron ante los españoles y ofrecieron ayuda para vencer al poblado vecino: Ake .

Los de Ake se rindieron ante el adelantado, seguido de ello los poblados no pusieron resistencia.

Diego de Landa llegó a Yucatán en 1549, siendo enviado a Yucatán para ayudar en la conversión de los indígenas al cristianismo, como parte de una misión franciscana. Su llegada a Yucatán marcó el comienzo de una larga y compleja relación con la región y sus habitantes, ya que estaba en plena transición de la época prehispánica a la colonial. A pesar de la conquista de los mayas por parte de los españoles todavía mantenían muchas de sus tradiciones y creencias. Landa se dedicó a aprender la lengua maya y a entender la cultura de la región, lo que le permitió desarrollar una labor misionera efectiva.

Luis de Villalpando, le ayudó en esa labor; Villalpando fue el primero en estudiar el idioma yucateco, reduciéndolo a una serie de reglas con el fin de facilitar su aprendizaje. Pero Diego de Landa consiguió superar al maestro en tal arte, pues al cronista Lizana no dejaba de ser “cosa misteriosa” que los religiosos que llegaban de España en solo dos meses pudieran dominar la lengua. Landa; con el permiso de sus superiores, se dedicó a recorrer las poblaciones indígenas de la península yucateca, para darles a conocer la religión católica.

El cacique Canek había ofrecido rendirse en paz, pero otros líderes se rehusaron a someterse a los españoles.

150 soldados navegaron el lago en canoas con sus arcabuces para asustar a los indígenas. Canek huyó durante el ataque, pero sería capturado y devuelto a Tayasal.

Lo primero que hicieron los conquistadores fue destruir los templos, con cuyas piedras erigieron una pequeña iglesia. Canek, Kin Canek y otros caciques itzaes reconocieron públicamente la soberanía de Carlos II, Rey de España, representado por Urzúa.

Fue Diego de Landa el gran impulsor de su construcción, porque el mismo se desplazaba a los montes, junto con los indígenas, para proveer la madera y las piedras necesarias para erigir el monasterio y santuario.

En 1562, Landa estableció un tribunal de la Inquisición en el poblado maya de Maní, hizo uso de la tortura para extraer confesiones de paganismo y herejía, con el propósito de poner fin a las prácticas religiosas de los mayas, ya que Landa sabía que los indígenas seguían rindiendo culto a sus antiguas divinidades. Al establecer el tribunal en Maní; Landa comenzó los interrogatorios a los indios lo cual condujeron al decomiso de sus imágenes, códices y piedras sagradas. Tras el interrogatorio y tortura se realizó un gran Auto de Fe en Maní donde Landa hizo quemar unos más de 5 000 ídolos y otras parafernalias rituales. A la par de las imágenes se destruyeron más de 27 códices mayas escritos en papel de corteza y piel de venado.

Después de un período de 9 años en España; Diego de Landa regresó a Yucatán en 1573 con la intención de continuar su labor misionera y religiosa, pues había sido absuelto de las acusaciones en su contra.

A su regreso, Landa se estableció en Mérida, la capital de Yucatán, y se dedicó a reorganizar las misiones franciscanas en la región. También trabajó en la creación de un nuevo obispado en Yucatán, que finalmente se estableció en 1575.

Landa padecía de asma desde el comienzo de su apostolado, acabando con su vida a los 54 años, después de profesar durante 38 años como fraile franciscano. Fue inhumado en Mérida, en la iglesia del convento capitular de San Francisco y posteriormente sus restos fueron enviados a España. Sus cenizas fueron trasladadas desde Yucatán a España 150 años después de su muerte.

En la Villa de Campeche, unos corsarios Franceses lograron apoderarse del lugar, la rindieron, quemaron y saquearon e hicieron grandes daños. Campechanos y españoles contraatacaron, ocasionando una batalla naval, ganándoles a los Franceses y rescatar dicha villa.

La flota de Drake llega a San Francisco de Campeche para planear un ataque sorpresa, lo que permitió a los piratas tomar la ciudad.

La saquearon, robaron valiosos bienes; Su ataque afectó a las rutas comerciales y el comercio en la región, al igual que ayudó a reforzar las defensas para las ciudades costeras, así como estructuras y murallas.

Campeche recibió su segunda incursión corsaria, esta vez por el corsario William Parker; Este ataque fue parte de una serie de acciones llevadas a cabo por piratas que buscaban desestabilizar las colonias españolas.

El ataque inició en un lugar llamado La Desconocida, establecieron diferentes espacios donde se llevaron a cabo prácticas de violencias. Gracias a un contraataque español, los ingleses fueron obligados a huir.

El asalto fue llevado a cabo por piratas franceses bajo el mando de Jean Baptiste Du Codray , los piratas se dirigieron hacia Mérida desde la costa , logrando entrar en la ciudad, saquearla y causar considerable daño. Durante el ataque, tomaron bienes valiosos y destruyeron propiedades.

El ataque a Mérida remarcó los riesgos que enfrentaban las colonias españolas en el Nuevo Mundo y que también estas podían ser vulnerables a la piratería.

Llevado a cabo por piratas franceses, liderados por Jean-Baptiste du Coudray. Se dirigió principalmente hacia la ciudad de San Francisco De Campeche donde sufrió de grandes pérdidas económicas y materiales durante el ataque.

Uno de los últimos ataques pirata registrado en Yucatán, antes de que la actividad pirata en la región comenzara a declinar, gracias al refuerzo de seguridad en ciudades costeras, además, la disminución del valor del comercio marítimo.

Francisco de Montejo, en compañía de León "El Mozo", asignaron la labor de someter Bakhalal.

 La conquista de la provincia de Chetumal fue encargada a Gaspar Pacheco y Melchor Pacheco, quienes se caracterizaron por su crueldad, violencia y exterminio. Muchos indígenas emigraron al Petén, y la población maya que permaneció, exhausta y aniquilada, aceptó la presencia española. Ese mismo año de 1544 Melchor Pacheco fundó la actual población, dándole el nombre de Salamanca de Bacalar, sin embargo poblar el lugar era complicado pues estaba muy alejado y las comunicaciones con Mérida, eran deficientes.

En el pueblo de Cisteil estalló el movimiento conocido como la "Rebelión de Jacinto Canek"; encabezado por el líder maya que al regresar de la tierra de los Itzaes se proclamó Rey de los mayas.

Entre 1200 y 2500 indígenas mayas se habían unido al ideal del movimiento que pretendía instaurar un gobierno maya y abolir los tributos y repartimientos contra el dominio español.

Yucatán realiza su primera declaración de libertad un 2 de noviembre de 1821.

La emancipación de Yucatán de la corona española se produce simultáneamente al proceso de la Independencia de México, a lo largo de la segunda década del siglo XIX y que culmina en 1821.

Fue hecho prisionero y condenado a muerte junto con varios de sus seguidores; La ejecución se llevó acabo en la Plaza Mayor de Mérida, justamente en frente de la Casa Montejo.

Canek fue descuartizado con barretas y tenazas al rojo vivo; luego quemaron su cuerpo y arrojaron sus cenizas al viento.

Lorenzo de Zavala, uno de los sanjuanistas, crea en 1820 la confederación patriótica; Dentro de esta hubo dos grupos: quienes apoyaban al gobierno español al igual que a la constitución de Cadiz, y otro encabezado por Zavala que buscaba la independencia absoluta de la corona española.

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