Él se da cuenta que las ciencias que se han enseñado son producto del saber de varios autores con diferentes formas de pensar y por ello estas deben de tener. Comienza a dudar de forma metódica y también nos habla de las bases de su nuevo método que contribuyeron a lograr el siguiente resultado; “no admitir ninguna cosa como verdadera si no se le había conocido evidentemente como tal”, “conducir por orden sus reflexiones comenzando  por los objetos  más simples  y más fácilmente cognoscibles. Realizar recuentos tan completos y revisiones tan amplias que pudiese estar seguro de no omitir nada”. “dividir cada una de las facultades a examinar en tantas parcelas como fuera posible…”. 

Como descartes pretendía dudar de todo , elaboro una moral provisional con 4 máximas  que le ayudaron a regir su vida de una forma correcta estas son ; 1) obedecer las leyes y costumbres de su país ,conservando la religión y rigiéndose por opiniones solamente moderadas  y más alejadas(2) debía de ser más firme  y decidido en sus acciones y  no seguir las opiniones más dudosas(3) intentar vencerse siempre a si mismo antes que a la fortuna  y modificar sus deseos antes que al orden del mundo  “ no existe nada que este enteramente a nuestro poder excepto los pensamientos”(4) la mejor ocupación que puede tener un hombre  es aquella donde  cultiva la razón  y avanza hacia el conocimiento de la verdad , una vez concluido esto se da cuenta de que  “basta con juzgar  para obrar bien  y juzgar de lo mejor  que se pueda para obrar de igual modo”  finalmente Descartes decide estar solo y se va a Holanda.
“pienso y luego soy”, ya que si se dedicaba a dudar de todo era necesario que él lo pensara y por ende el existiera, también nos dice que el alma es independiente del cuerpo. Además, el reflexiono a cerca dela existencia de dios tubo tres argumentos, si el dudaba de todo significaba que él no era perfecto y que por ende debía de existir alguien más perfecto que él, algo que no tuviera imperfecciones o que se pudiera someter a duda es decir DIOS, el segundo es que todos somos producto de dios porque si nosotros fuéramos perfectos nos creíamos a nosotros mismos y como no es así es necesario un creador, en tercer lugar, dios es perfección. Por último, todas nuestras ideas o nociones deben de tener un fundamento de verdad puesto que dios las coloco en nosotros.
Descartes habla acerca de la luz, del sol y las estrellas, del cielo y finalmente de la tierra y otros planetas además de que resalta que la materia tiende a ir hacia el centro de la tierra. Para Descartes Dios lo ha creado todo tal y como debía ser. 
Empieza a reflexionar que teniendo un camino y un método por el cual pudiese encontrar la verdad lo único que le impediría lo siguiente es la brevedad de la vida. También dice que sus escritos pudiesen ser mejor utilizados y valorados después de su muerte y que desea hacer público lo poco que sabe en comparación a todo lo que ignora.