Latar belakang perang berawal dari campur tangan Belanda dalam urusan Keraton Yogyakarta, beban pajak yang semakin berat bagi rakyat, serta pembangunan jalan yang melewati makam leluhur Pangeran Diponegoro di Tegalrejo tanpa izin. Hal itu menimbulkan kemarahan Diponegoro dan rakyat, sehingga pada tahun 1825 pecah perlawanan bersenjata.

Jalannya perang berlangsung selama lima tahun dan meluas ke berbagai wilayah Jawa, mulai dari Yogyakarta, Kedu, Bagelen, Banyumas, Pacitan, Kediri, hingga Madiun. Pangeran Diponegoro menggunakan strategi perang gerilya dengan memanfaatkan dukungan luas rakyat, bangsawan, dan ulama. Perlawanan ini membuat Belanda kewalahan, hingga mereka membangun lebih dari 160 benteng pertahanan untuk menekan gerakan rakyat.

Akhir perang terjadi pada tahun 1830 ketika Belanda dengan tipu muslihat mengundang Pangeran Diponegoro ke Magelang untuk berunding. Dalam pertemuan itu, Diponegoro justru ditangkap dan kemudian diasingkan ke Makassar hingga wafat pada tahun 1855.

Sebagai upaya melawan tekanan VOC, Sultan Ageng Tirtayasa memperkuat angkatan laut dan pertahanan Banten, membangun benteng-benteng strategis, serta menjalin aliansi dengan pihak lain yang menentang VOC, seperti Kerajaan Makassar, pedagang Inggris, dan Perancis. Ia juga mengembangkan ekonomi rakyat dengan membuka lahan pertanian baru agar Banten tidak bergantung sepenuhnya pada perdagangan lada. Strategi ini membuat posisi Banten cukup kuat dalam menghadapi tekanan VOC.

Namun, VOC menggunakan politik adu domba untuk melemahkan Banten. Putra Sultan Ageng, yaitu Sultan Haji, berselisih dengan ayahnya dan meminta bantuan VOC untuk merebut kekuasaan. VOC segera mendukung Sultan Haji dengan memberikan senjata dan pasukan. Perselisihan keluarga ini berubah menjadi perang saudara, di mana pasukan Sultan Ageng berhadapan dengan Sultan Haji yang dibantu VOC.

Perang memuncak pada tahun 1682, ketika VOC bersama Sultan Haji berhasil menyerang pusat kekuasaan Sultan Ageng. Akhirnya Sultan Ageng Tirtayasa ditangkap, dipenjarakan, dan wafat dalam tahanan VOC. Sejak saat itu, kekuatan politik Banten semakin lemah, kerajaan kehilangan kedaulatan, dan VOC semakin memperkuat dominasinya di wilayah barat Nusantara.

Kekecewaan tersebut mendorong keduanya bersatu melawan VOC dan raja Mataram yang dianggap terlalu tunduk pada Belanda. Dalam perlawanan ini, Pangeran Mangkubumi berperan sebagai pemimpin politik yang menggalang dukungan rakyat, sedangkan Raden Mas Said terkenal dengan strategi perang gerilya yang membuat VOC kewalahan. Perlawanan berlangsung lama, sekitar tahun 1742–1755, dan menyebar ke berbagai daerah di Jawa Tengah.

Akhirnya, karena tidak mampu sepenuhnya mengalahkan pasukan Mangkubumi dan Mas Said, VOC memilih jalan damai. Pada tahun 1755, ditandatangani Perjanjian Giyanti, yang membagi Kerajaan Mataram menjadi dua: Kasunanan Surakarta dan Kesultanan Yogyakarta di bawah Pangeran Mangkubumi yang bergelar Sultan Hamengkubuwono I. Namun, Raden Mas Said menolak isi perjanjian tersebut dan terus melanjutkan perlawanan. Baru pada tahun 1757, melalui Perjanjian Salatiga, ia berdamai dengan VOC dan diberi kedudukan sebagai Adipati Mangkunegara I di Surakarta.

Tahap Kedua (1821–1833)
Kaum Adat yang terdesak kemudian meminta bantuan Belanda. Belanda masuk ke Sumatra Barat dan berpihak pada Kaum Adat untuk mengalahkan Kaum Padri. Sejak saat itu, perang berubah menjadi konflik antara Padri melawan Belanda + Adat. Belanda memanfaatkan kondisi ini untuk memperluas kekuasaan dan memperkuat kedudukannya di Minangkabau.

Tahap Ketiga (1833–1837)
Setelah melihat ancaman Belanda semakin nyata, Kaum Adat dan Kaum Padri akhirnya bersatu melawan Belanda. Pada tahap ini, perang dipimpin oleh tokoh-tokoh penting seperti Tuanku Imam Bonjol, Tuanku Nan Renceh, dan Haji Miskin. Perlawanan dilakukan dengan strategi gerilya dan bertahan di benteng-benteng. Namun, Belanda terus menambah pasukan dan memperkuat pertahanan. Pada tahun 1837, benteng Bonjol berhasil direbut dan Imam Bonjol ditangkap, diasingkan, lalu wafat di Manado.