Setelah keluar dari penjara, Silas Papare mendirikan Partai Kemerdekaan Irian. Karena Belanda tidak senang, ia kemudian ditangkap dan kembali dipenjara di Biak. Partai ini kemudian diundang pemerintah RI ke Yogyakarta. Setelah bebas Sila Papare pergi kesana bersama dengan teman-temannya membentuk Badan Perjuangan Irian di Yogyakarta. Sepanjang tahun 1950-an ia berusaha kerasa agar Papua menjadi bagian dari Republik Indonesia. Tahun 1962 ia mewaikili Irian Barat duduk sebagai anggota delegasi RI dalam Perundingan New York antara Indonesia-Belanda dalam upaya penyelesaian masalah Papua. Berdasarkan “New York Agreement” ini, Belanda akhirnya setuju untuk mengembalikan Papua ke Indonesia.

Sejak tahun 1946 Marthen Indey menjadi ketua Partai Indonesia Merdeka (PIM). Ia selalu memimpin sebuah aski protes yang didukung delegasi 12 Kepaka Suku terhadap keingunan Belanda yang ingin memisahkan Papua dari Indonesia. Indey juga terang-terangfan menghimbau anggota militer yang bukan orang Belanda agar melancarkan perlawanan terhadap Belanda. Akibat aktivitas politiknya tersebut, pemerintah Belanda menangkap dan memenjarakan Indey.

Tahun 1962, saat Marthen Indey tak lagi dipenjara, ia menyusun kekuatan gerilya sambil menunggu kedatangan tentara Indonesia yang akan diterjunkan ke Papua dalam rangka operasi Trikora. Setelang perang usai, ia berangkat ke New York untuk memperjuangkan masuknya Papua ke wilayah Indonesia, di PBB hingga akhirnya Papua (Irian) menjadi bagian dari Republik Indonesia.