La primera mitad de los años 2000 suponen la culminación de la nueva época dorada del Valencia CF. Con Héctor Cúper como técnico, en la temporada 1999/00, en su debut en la moderna Liga de Campeones el club llega por primera vez en su historia a la final de la Champions pero es derrotado por el Real Madrid tras haber hecho un inmejorable campeonato. Repite final al año siguiente en su segunda participación y el rival esta vez es el Bayern de Múnich, que arrebata el título a los valencianistas en la tanda de penaltis.

En la temporada 2001/02, con un hasta entonces desconocido Rafa Benítez como entrenador y con futbolistas como Albelda, Baraja, Vicente, Cañizares, Carboni, Djukic, Angloma, Ayala o Rufete entre otros, el Valencia gana de nuevo un título de Liga tras 31 años sin conseguirlo. En la temporada 2003/04 repite título y también gana la Copa de la UEFA, logrando así un doblete histórico y situando al Valencia como mejor equipo del mundo del año 2004 según la IFFHS. Termina la época dorada del club con la marcha de Rafa Benítez por discrepancias con el director general Manuel Llorente, y el técnico es sustituido por el italiano Claudio Ranieri en su segunda etapa valencianista. Con él se gana la Supercopa de Europa pero no termina la temporada 2004/05 por los malos resultados y empieza una etapa mucho más gris para la entidad.

Los años siguientes se adquirieron futbolistas como David Villa, pero también se apostó fuerte por jóvenes promesas como David Silva o Juan Mata. El equipo fue entrenado por Quique Sánchez Flores, y confeccionado por Javier Subirats primero y Amedeo Carboni después. Pese a la calidad individual de la mayoría de jugadores y las ambiciones, no se alcanzó ningún triunfo hasta 2008.

Con el equipo envuelto en una complicada situación, con problemas económicos, sociales, deportivos e institucionales, se logró el título de la Copa del Rey con el técnico Ronald Koeman, a pesar de una vergonzosa campaña liguera en la que se sufrió hasta las últimas jornadas por mantener la categoría. La temporada siguiente se contrata a Unai Emery con el objetivo de volver a la Champions League, objetivo que no se alcanzó esta temporada pese a contar con numerosos jugadores de la Selección Española de Futbol campeona de la Eurocopa 2008.

El gran endeudamiento del club, unido a la crisis inmobiliaria que sufrió el país, hizo suspender la construcción del futuro estadio a principios de 2009. Al descender el precio del suelo ya no se podía vender el suelo del actual Mestalla para afrontar la construcción del nuevo. En verano de 2009 el club se ve obligado a llevar a cabo una ampliación de capital para evitar un concurso de acreedores al tener una deuda de 547 millones de euros. El control accionarial del club queda en manos de la Fundación Valencia CF con el 74% de acciones al comprar todas las acciones no vendidas al público. Se aseguró que habría una segunda fase de venta de acciones para democratizar el club pero nunca llegó a realizarse. El nuevo presidente Manuel Llorente, puesto por las instituciones tuvo como principal objetivo rebajar la deuda con la entidad bancaria.

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Ese día comenzó una nueva etapa para el club de Mestalla en la que está económicamente saneado, con una fuerte inversión económica en mejorar el equipo, y dando continuidad al consejo de administración del proyecto GloVAL, encabezado por Amadeo Salvo, y al cuerpo técnico.

Camiseta de la senyera del año 1970

Uniforme de la senyera del año 2004

Uniforme de la senyera del año 2012