Kloon van Lab W2: Forensische DNA analyse deel 1: DNA isolatie JetFlex by https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth Periode 3 vaardigheden en-us 2023-02-20 15:15:21 UTC 2023-02-20 15:16:18 UTC hello@padlet.com https://padlet.net/icons/png/1f9ec.png Materialen 7035415 https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608066 Noteer hier een tabel met de benodigde materialen

Zoek in de voorschriften en de opdracht op welke materialen nodig zijn, maak een tabel waarin je op het lab ook de fabrikant kan noteren. Noteer ook wanneer iets ingevroren of koud bewaard moet worden

Materiaal, concentratie, bewaarinstructie, fabrikant
...     ...     ...     ...
...     ...     ...     ...
...     ...     ...     ...]]> 2023-02-20 15:15:21 UTC https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608066 Apparaatinstellingen 7035415 https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608067 Noteer hier dingen als:
  • Hoe je te gebruiken apparaten instelt
  • Incubatiestappen: hoe lang, bij welke temperatuur
  • Centrifugestappen: welke RPM, hoe lang, werk je verder met het supernatant of het pellet?
  • etc.

]]> 2023-02-20 15:15:21 UTC https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608067 Principe 7035415 https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608068 Wat is het principe? Waarom werken deze technieken?
Het principe hoeft niet in het labjournaal genoteerd te worden. Om te begrijpen waarom  methodes werken is het wel belangrijke kennis. Op de praktijktoets wordt gevraagd naar kennis van de principes.

Er zijn deze week meerdere principes:
  • Het principe van DNA isolatie met precipitatiemethode
  • Wat doet proteinase K?
  • Het principe van DNA concentratie / zuiverheid bepalen met nanodrop
Beschrijf hieronder alle principes kort en bondig
...
...
...
]]> 2023-02-20 15:15:21 UTC https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608068 Voorschriften 7035415 https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608070 Noteer hier de benodigde voorschriften

In de opdracht tekst wordt vaak gehint naar de voorschriften. Kijk naar de opdrachttekst en kijk naar de index van de voorschriften. Als je dezelfde woorden tegenkomt zijn dat vast de benodigde voorschriften. 

Er zijn voor deze opdracht 2 voorschriften nodig

  • b
  • c
  • ...
]]> 2023-02-20 15:15:21 UTC https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608070 Doel 7035415 https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608071 Wat is het doel van het experiment?

Voor het doel staan vaak hints in de opdracht tekst

Deze week ga je nog niet iets analyseren, maar je wilt aan het eind van de labdag iets hebben. Wat wil je hebben?
...]]> 2023-02-20 15:15:21 UTC https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608071 Verwachting 7035415 https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608072 Noteer hier de onderbouwde verwachting van het experiment

Wat je verwacht als uitkomst heeft te maken met het doel.

Wat verwacht je dat er uit komt?
  • Als het doel is 'hebben van' dan is een logische verwachting dast je iets wel of niet hebt
  • ...
Hoe verwacht je dat het resultaat er uit ziet
  • Hoe weet je of het geïsoleerde DNA 'zuiver' is?
  • Wat kan je over de resultaten van die test verwachten?
  • ...
Waarom verwacht je wat je verwacht?
  • ...

Beschrijf hier je verwachting in 1 alinea:
...

]]> 2023-02-20 15:15:21 UTC https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608072 Extra info 7035415 https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608073 Wanneer je problemen hebt met het werken met je eigen DNA kan je DNA van je labpartner helpen isoleren. In week 5 wordt er verder gewerkt met het DNA uit dit experiment. Als je om technische redenen geen eigen DNA hebt geïsoleerd is er ander menselijk DNA aanwezig om het experiment van week 5 uit te kunnen voeren.

Deze week staan de antwoorden niet meer gegeven, je gaat ze zelf invullen op de plaatsen waar '...' staat. ]]> 2023-02-20 15:15:21 UTC https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608073 Opdracht 7035415 https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608074 Forensische DNA analyse deel 1: DNA isolatie

Deze periode bestaat het project uit CSI. Hiervoor moet je DNAsporen analyseren van een plaats delict. Tijdens het practicum ga je bepalen of het mogelijk is om DNA analyse efficiënter te maken door te testen of verschillende primers tegelijk gebruikt kunnen worden: de PCR multiplex maken.

Deze week ga je genomisch DNA uit wangslijmvlies swabs isoleren en de concentratie en zuiverheid hiervan bepalen. In een latere week ga je de PCR op STRs uitvoeren.

Isoleer met een precipitatie methode voor swabs DNA uit 1 monster en bepaal de concentratie en zuiverheid hiervan.

Tips

  • Proteinase K breekt eiwitten af waardoor DNA niet kapot gemaakt wordt

Note
Als je om wat voor reden dan ook niet met je eigen DNA wilt werken kan je kiezen om DNA van listeria en 35S plasmide DNA te isoleren (dus beide keuze-opties in plaats van 1) in plaats van je eigen DNA isoleren en 1 keuze-optie).
]]> 2023-02-20 15:15:21 UTC https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608074 Veiligheidsmap 7035415 https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608075 Zoek in de veiligheidsregels op welke maatregelen van toepassing zijn op dit experiment.
Vul de veiligheidsmap aan met informatie over chemicalien die er nog niet in staan.
Doe de paginas met informatie over alle stoffen voor dit experiment vooraan in de map.

Correct gebruik van de veiligheidsmap wordt beoordeeld bij professionele werkhouding en tijdens de praktijktoets.

In de handleiding van de JetFlex DNA Isolatiekit staat in appendix E de veiligheidsinformatie]]> 2023-02-20 15:15:21 UTC https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608075 Pipetteerschema plasmide DNA 7035415 https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608076 Vul hier het pipetteerschema voor TRIS/EDTA pH 8 in
Los TRIS-HCl en EDTA en vul aan tot minder dan het eindvolume zodat je ruimte over hebt om de pH te stellen met NaOH en HCl. Pas als de pH goed is aanvullen tot eindvolume.

TRIS HCl
EDTA
demiwater
eindvolume

]]> 2023-02-20 15:15:21 UTC https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608076 Keuze controles... 7035415 https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608077 Bijna bij elk experiment zijn controles nodig om te weten of de data van het analysemonster betrouwbaar is. Beschrijf hier welke controles je wilt maken. 

Bij DNA isolatie is de uitkomst wel of geen (zuiver) DNA. Als het niet gelukt is moet het geheel gewoon opnieuw gedaan worden. Bij dit experiment hebben controles eigenlijk geen nut

Bij controleren van de concentratie / zuiverheid van DNA met nanodrop heb je wel een controle nodig: een blanco. Dit bestaat uit het materiaal waarin het DNA is opgelost aan het eind van de DNA isolatie

Noteer hier hoe je de blanco bereid (5 ul is genoeg)]]> 2023-02-20 15:15:21 UTC https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608077 Monsterlijst 7035415 https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608078 Noteer hier welke monsters je gaat maken voor dit experiment

Welke monsters heb je bij het isoleren van DNA?



]]> 2023-02-20 15:15:21 UTC https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608078 Overzicht labdag / planning 7035415 https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608079 Bij een professionele werkhouding hoort ook overzicht behouden over de labdag. Uiteindelijk op de praktijktoets word gekeken of je weet wat je moet doen, of dat in je hoofd zit of op papier mag je zelf bepalen. Een planning kan hierbij helpen

Stappen die in je planning kunnen staan zijn bijvoorbeeld:
  • Materialen verzamelen
  • Waterbad of hitteblok aanzetten
  • Incubatietijden: hoe lang moet je 'wachten' tot er dingen klaar zijn? Dit kan bij elkaar al veel tijd kosten
  • Alle stappen die je gaat uitvoeren
  • Wat kan er tijdens 'wachtstappen' al gedaan worden?
  • DNA concentratie controleren: hoeveel tijd denk je dat dit kost?
  • Hoe laat denk je klaar te zijn met alle experimenten voor deze opdracht?
  • Is dit het enige experiment voor deze labdag? zo nee, zorg dat alle uit te voeren experimenten in je planning opgenomen zijn
  • ...

]]> 2023-02-20 15:15:21 UTC https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608079 Samenwerken 7035415 https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608080 Deze periode ga je voor de voorbereiding veel doen. wanneer je niet samenwerkt kan het teveel zijn om alleen te doen in een reëel tijd.

Gebruik deze padlets om samen voor te bereiden. Als je met een groepje in een padlet werkt kan iedereen er tegelijkertijd aanvullingen in zetten.]]> 2023-02-20 15:15:21 UTC https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608080 Pipetteerschema lysozym oplossen 7035415 https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608081 Noteer hier het pipetteerschema voor lysozym oplossen
In de handleiding van de fabrikant is aangegeven dat lysozym opgelost moet worden. Lysozym zit per 1 gram in een potje. Los alles in een keer op in het potje waarin het aangeleverd wordt.

Lysozym
TRIS-HCl
eindvolume

]]> 2023-02-20 15:15:21 UTC https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608081 Labjournaal 7035415 https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608082 Bij 'toekomst' ga je later gegevens invullen over het experiment waarin je op het vandaag geisoleerde DNA een PCR uitvoert.]]> 2023-02-20 15:15:21 UTC https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608082 Overzicht genomisch DNA isoleren uit wangslijmvlies swabs 7035415 https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608083 2023-02-20 15:15:21 UTC https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608083 Pipetteerschema plasmide DNA 7035415 https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608084 Vul hier het pipetteerschema voor TRIS/EDTA pH 8 in
Los TRIS-HCl en EDTA en vul aan tot minder dan het eindvolume zodat je ruimte over hebt om de pH te stellen met NaOH en HCl. Pas als de pH goed is aanvullen tot eindvolume.

TRIS HCl
EDTA
demiwater
eindvolume

]]> 2023-02-20 15:15:21 UTC https://padlet.com/7035415/iptgb7jmojh2ctth/wish/2488608084