Traslocò ancora una volta in Portogallo, per insegnare inglese. Fu proprio qui che si sposò con un giornalista il 16 ottobre 1992. Poco tempo dopo il matrimonio, nel 1993, nacque una bambina. Nello stesso anno Joanne si separò dal marito e si trasferì quindi con la figlia ad Edimburgo  con l'idea di vivere insieme alla sorella. Dopo questa parentesi, per l'autrice iniziò un periodo molto cupo, segnato da una forte depressione e da una situazione finanziaria disastrosa: essendo senza lavoro, doveva pagare l'affitto del suo appartamento con gli assegni di disoccupazione e, perciò, viveva assieme alla figlia completamente  aiutata economicamente dallo Stato.
Joanne, approfittando delle camminate per far addormentare la figlia (Jessica) nel passeggino, andava spesso al pub del cognato, dentro al quale si impegnava con passione a portare avanti il suo romanzo, che riteneva essere la cura a quella profonda crisi che stava attraversando. Di quel periodo ricorda un pensiero in particolare, riferendosi a Jessica: "...era una sorpresa ogni mattina vederla ancora viva". Joanne, infatti, credeva che, in quel periodo, ogni cosa bella sarebbe andata storta come tutto il resto e che non sarebbe mai più stata felice come un tempo. Da questo momento buio della sua vita, la scrittrice ha estratto la figura dei DISSENNATORI, creature che "risucchiano la pace, la speranza e la felicità dall'aria che li circonda".
Fu qui che, nel 1995, terminò il manoscritto e, dopo numerosi tentativi di ricerca di agenti letterari, Christoper Little accettò di diventare il suo agente proponendo il testo a tre differenti case editrici. Tutte e tre rifiutarono di pubblicare il romanzo, etichettato come "fin troppo lungo".
Nel 1997, una casa editrice allora non molto conosciuta, la Bloomsburry, accettò il manoscritto, avviando l'evento letterario più importante degli ultimi decenni.
La decisione di uno pseudonimo sembra sia stata richiesta alla Rowling dalla casa editrice stessa, preoccupata che il pubblico, considerato target del libro (gli adolescenti), accettasse con difficoltà una scrittrice donna. Joanne scelse quindi di firmarsi J. K. Rowling. In seguito a questa scelta il nome della scrittrice spesso viene indicato come Joanne Kathleen.
Il successo di Harry Potter e la pietra filosofale  superò enormemente le più rosee aspettative, raccogliendo i consensi di un pubblico di lettori di tutte le fasce di età. Se poi si considera che l'autrice era praticamente sconosciuta, priva di qualunque appoggio nel campo editoriale e alla sua prima esperienza di pubblicazione, non si può fare a meno di restare allibiti dinanzi alle proporzioni del fenomeno stesso. Vennero in seguito pubblicate copie di Harry Potter con copertina per adulti, per il fatto che ad alcuni di essi non piace far notare di leggere libri etichettati "per bambini".
I diritti americani del libro furono acquistati dalla Scholastic per una cifra molto alta, considerando il fatto che Harry Potter era considerato solo un libro per bambini.
Al primo romanzo ne seguirono altri sei...
Il secondo volume Harry potter e la camera dei segreti, ebbe un successo incredibile sin dalla prima pubblicazione: le critiche che arrivarono da tutto il mondo furono decisamente positive e il libro riscosse (come il precedente) un successo planetario. Il terzo libro, Harry Potter e il prigioniero di Azcaban, non fece che aumentare la fama del maghetto, facendo vincere a Joanne (primo caso nella storia) lo Smarties Prize tre volte di fila.
Nel 2000, quando ormai la saga era divenuta un fenomeno globale indiscusso, viene pubblicato il quarto Harry Potter e il calice di fuoco. Nel Regno Unito e negli Stati Uniti d'America, superando i record di vendita in entrambi i Paesi: nei soli Stati Uniti in due giorni il 4º capitolo vendette 3 milioni di copie. Grazie a questo episodio della saga, Joanne venne eletta "autore dell'anno" ai British Book Awards e vincitrice (caso più unico che raro) del Premio Hugo.
Nel 2001 Joanne si sposò per la seconda volta. Dal matrimonio sono nati due figli.
Harry Potter l'odine della fenice, vendette 5 milioni di copie in 24 ore e guadagnò critiche molto positive: il libro vinse, tra gli altri, due riconoscimenti della American Library Association, l'Oppenheim Toy Portfolio Platinum Seal e fu giudicato con la frase mentre Harry cresce, la Rowling diventa sempre più brava.
Nel 2003 ha fatto una riproduzione nel quarto episodio della quindicesima stagione della serie TV I Simpson. Il sesto libro della saga, Harry Potter il principe mezzo sangue, vendette 9 milioni di copie in 24 ore, riscuotendo da parte della critica e del pubblico un gradimento altissimo vincendo, tra gli altri premi, il "Book of the Year" ai British Book Awards.
Ha così continuato a scrivere libri, ha pubblicato la settima e ultima edizione  Harry Potter e i doni della morte, e ha fatto sapere ai suoi fans che,  intorno al 2008, avrebbe pubblicato il libro The Tales of Beedle the Bard.  
Chissà se Joanne Kathleen Rowling sta già scrivendo un nuovo libro...