สถานสงเคราะห์เด็กชายนราธิวาส มีภารกิจหลักในการให้การสงเคราะห์เด็กที่ประสบปัญหาทางสังคมและเด็กที่ตกอยู่ในสภาวะยากลำบาก อันได้แก่ เด็กกำพร้า เด็กที่ถูกทอดทิ้ง เด็กที่ครอบครัวฐานะยากจน เด็กที่ถูกกระทำความรุนแรงในครอบครัว รวมถึงเด็กที่ได้รับผลกระทบจากสถานการณ์ความไม่สงบ 3 จังหวัดชายแดนใต้ และเด็กที่ได้รับผลกระทบจาก HIV/AIDS อายุตั้งแต่ 6-18 ปี จากพื้นที่ 14 จังหวัดภาคใต้ โดยให้การส่งเสริม สนับสนุนและพัฒนาศักยภาพในแต่ละด้านตามความเหมาะสมของแต่ละบุคคล ทั้งทางด้านร่างกาย จิตใจ อารมณ์ สังคม ตลอดจนอบรมคุณธรรม จริยธรรมและให้โอกาสทางการศึกษาตามความรู้ความสามารถของเด็ก