El Presidente no se había manifestado en relación a este asunto, pero pocos días después decide adherirse al Plan, lo mismo que la Iglesia, que propone formalmente excomunión para quienes siguieran fieles al texto constitucional, y perdón para quienes se arrepintieran. Varios gobiernos estatales se suman a este Plan. El Ministro de la Gobernación, Benito Juárez, no se pronunció a favor del plan; el mes anterior, noviembre de 1857, había expresado que una situación así no habría de ocurrir, por lo que fue apresado.

En enero de 1858, Zuloaga decide excluir a Comonfort del Plan, con el argumento de que el Presidente mantenía una actitud ambigua en relación con el mismo. Comonfort decide entonces solicitar la ayuda de Juárez, para lo cual gestiona su liberación. El Plan de Tacubaya se reveló entonces como un golpe de Estado para derogar la Constitución de 1857.