La reproducción más común en el mundo de las esponjas es la sexual, siendo la mayor parte de especies hermafroditas. Los individuos puede actuar como género masculino –expulsando en el agua su esperma– o femenino –creando huevos para que sean fecundados–. Una vez fertilizados, dichos huevos se transforman en larvas, que se mueven libremente por el agua hasta que alcanzan la madurez y, tras un proceso de metamorfosis, encuentran un sustrato al que aferrarse. Debido a la condición totipotente de sus células, no obstante, algunas esponjas también pueden reproducirse asexualmente. Existen muchos mecanismos para hacerlo, aunque el más común es el de la fragmentación: a partir de una yema que crece y se desprende del cuerpo de una esponja, se desarrolla un nuevo individuo.

 Los pólipos generalmente se reproducen asexualmente. Un tipo de reproducción asexual en los pólipos lleva a la formación de medusa nueva. Las medusas usualmente se reproducen sexualmente. La reproducción sexual forma un cigoto. El cigoto se desarrolla en una larva llamada una plánula . La plánula, a su vez, se desarrolla en un pólipo. Existen muchas variaciones en el ciclo de vida general. Obviamente, las especies que existen solo como pólipos o medusas tienen un ciclo de vida que no incluye a la otra forma.

La limitación de espacio interno en los crinoideos ha determinado que las especies actuales presenten las gónadas en pínnulas especializadas de los brazos, o más raramente en el propio brazo pero nunca en la teca o cáliz.

En las ofiuras más evolucionada, las gónadas están restringidas a la cavidad celómica del disco. La eliminación de las gónadas de los brazos en las formas más evolucionadas fue una restricción impuesta por el desarrollo articular y vertebral en los mismos, que permite que sean empleados en la locomoción y para la alimentación. Por contra, el disco central puede distendirse para aumentar el volumen disponible.