Los cambios repentinos en el registro fósil no anulan los indicios de gradualismo; son evidencia existente de puntuación. Las especies son estables durante largos períodos de tiempo por lo que dejan un montón de fósiles en los estratos mientras están en ese estado estable. El cambio de una especie a otra, sin embargo, ocurre con relativa rapidez (en una escala de tiempo geológico) en un proceso llamado equilibrio puntuado.

 

Una especie puede dar lugar a una nueva especie, cuando un pequeño grupo "fundador" se desprende y se aísla del grupo ancestral. Este nuevo grupo fundador, con tal de que siga siendo pequeño y distante, puede experimentar un cambio relativamente rápido (las grandes poblaciones son genéticamente estables). El cambio de especie sucede tan rápidamente que pocos fósiles quedan para dejarlo grabado. Pero una vez transformados en una nueva especie, los individuos conservan su fenotipo durante mucho tiempo, dejando atrás muchos fósiles bien conservados. Millones de años después, este proceso da lugar a un registro fósil que registra la mayoría de estabilidad. La puntuación está ahí entre el equilibrio.