Se ha establecido que el nombre «Polonio» proviene del naufragio de un barco que llevaba el mismo nombre, el 31 de enero de 1735. Otros, en cambio, afirman que se debió a otro hundimiento, pocos años más tarde, el 31 de enero de 1753. El barco se llamaba Nuestra Señora del Rosario, Señor de San José y las Animas.

La población permanente es pequeña, conformada principalmente por pescadores, artesanos y el personal estable del faro. En temporada turística (enero-marzo) cuenta con varios restaurantes abiertos, posadas y casas para alquilar.

Las viviendas no cuentan con energía eléctrica, salvo los lugares con grupo electrógeno propio o el faro. Tampoco hay alumbrado público, lo cual es una de las características propias del lugar, que permite, en las noches despejadas, apreciar el cielo nocturno como en pocos lugares de la costa uruguaya.

Por decreto del 20 de julio de 2009 se declaró área natural protegida bajo la categoría "parque nacional" a Cabo Polonio y al espacio marino de 5 millas náuticas, incluyendo las Islas de Torres y las Islas de Castillo Grande. El Sistema Nacional de Áreas Naturales Protegidas fue establecido por la ley Nº 17.234 del 22 de febrero de 2000.¹​