เด็กชายฮอว์คิงเติบโตขึ้นโดยได้รับการศึกษาและใช้ชีวิตวัยเด็กทั้งที่กรุงลอนดอนและเมืองเซนต์อัลบันส์ ก่อนจะได้รับปริญญาเกียรตินิยมสาขาฟิสิกส์จากมหาวิทยาลัยอ็อกซ์ฟอร์ด หลังจากนั้นเขาได้ศึกษาต่อในระดับสูงขึ้นโดยเป็นนักศึกษาวิจัยด้านจักรวาลวิทยาที่มหาวิทยาลัยเคมบริดจ์

เมื่อยังเป็นวัยรุ่น ศ.ฮอว์คิง ชื่นชอบการเล่นกีฬา รวมทั้งการขี่ม้าและพายเรืออย่างมาก แต่เมื่ออายุได้ 22 ปี แพทย์ตรวจพบว่าเขามีอาการของโรคเซลล์ประสาทนำคำสั่งเสื่อมชนิดหนึ่ง ซึ่งต่อมาทำให้เขาเป็นอัมพาตเกือบทั้งตัว และต้องใช้รถเข็นวีลแชร์ตลอดชีวิต
แม้แพทย์จะบอกกับ ศ.ฮอว์คิง ในปี 1964 ขณะที่กำลังเตรียมเข้าพิธีแต่งงานกับเจน ฮอว์คิง ภรรยาคนแรกว่า เขาจะมีชีวิตอยู่ได้เพียง 2-3 ปีเท่านั้น แต่ในภายหลังปรากฏว่าเขามีอาการทรุดลงช้ากว่าที่คาดมาก ศ.ฮอว์คิงและภรรยามีลูกด้วยกันถึง 3 คน และต่อมาในปี 1998 เขาเขียนหนังสือ "ประวัติย่อของกาลเวลา" เสร็จสมบูรณ์ แม้ในขณะนั้นจะขยับตัวไม่ได้แล้ว และต้องพูดผ่านอุปกรณ์สังเคราะห์เสียงหลังเข้ารับการผ่าตัดเจาะคอ