En 2009 se conformó la Asociación Intermunicipal para la Protección del Medio Ambiente  y Desarrollo sustentable del Lago de Chapala (AIPROMADES) que busca soluciones a los problemas ambientales del cuerpo de agua. 
La NOM 001 que es la que mide las descargas que van a cuerpos de agua nacionales y se tiene que actualizar, porque no mide la acumulación de contaminantes.
 Artículo 1. La presente Ley es de observancia general en todo el territorio del Estado de Jalisco; sus disposiciones son de orden público e interés social y regulan la explotación, uso, aprovechamiento, preservación y reutilización del agua, la administración de las aguas de jurisdicción estatal, la distribución, control y valoración de los recursos hídricos y la conservación, protección y preservación de su cantidad y calidad, en términos del desarrollo sostenible de la entidad.  I. Establecer los principios y regulaciones para la gestión integrada de los recursos hídricos en el estado, a efecto de promover y hacer efectivo el derecho al agua potable y el saneamiento como un derecho humano esencial para el pleno disfrute de la vida y de todos los derechos humanos; II. Establecer las bases generales para las actuaciones coordinadas de las autoridades estatales y municipales, quienes conforme a sus atribuciones constitucionales, concurren en el ámbito de dicha gestión; III. Regular en el ámbito de competencia estatal el aprovechamiento del agua en actividades agropecuarias; y IV. Establecer las bases generales para la prestación de los servicios públicos de agua potable, drenaje, alcantarillado, tratamiento y disposición final de las aguas residuales. 

La contaminación del Lago de Chapala y a las descargas de aguas residuales de las empresas cercanas y los fertilizantes usados en la agricultura, tiene grandes consecuencias como son muerte de peces, flora y contaminación del lago.  Este gran lago es el principal abastecedor de agua de la zona metropolitana de Guadalajara.