Conviene aclarar que la analogía mente-ordenador es funcional, no física. En el aspecto material o hardware las diferencias son considerables. Las neuronas son las unidades básicas del sistema nervioso: se trata de organismos vivos con miles de conexiones sinápticas tridimensionales y procesos complejos bioquímicos de transmisión de señales. En los ordenadores actuales las unidades elementales son circuitos de silicio, distribuidos bidimensionalmente y con escasas conexiones entre sí (aunque los últimos desarrollos también han explorado esta similitud, prueba de ello son las Redes neuronales artificiales). En cambio, desde una perspectiva funcional emergen las similitudes. La mente y el ordenador son sistemas de procesamiento de propósito general; ambos codifican, retienen y operan con símbolos y representaciones internas.