Rivalitas antara Gowa-Tallo dan VOC semakin meruncing dan perang tak lagi bisa terelakkan. 

latar belakang perlawanan Gowa-Tallo terhadap VOC, yaitu:

1. VOC menginginkan Hak Monopoli perdagangan di kawasan Indonesia Timur.

2.VOC melakukan blokade terhadap kapal-kapal yang akan berlabuh di Somba Opu.

Untuk menghadapi tindakan VOC yang semena-mena, Sultan Hasanudin memperkuat pasukan dengan memerintahkan kerajaan bawahan di Nusa Tenggara untuk mengirimkan prajuritnya.

Sedangkan di lain sisi, VOC menggunakan politik Devide et Impera dengan meminta bantuan Arung Palaka dari Kesultanan Bone.Arung Palaka menerima permintaan dari VOC dengan alasan ingin membalas kekalahannya atas Gowa-Tallo dan merebut kembali kemerdekaan Bone.

Pertempuran berlangsung sengit selama 4 bulan dan Sultan Hasanuddin dipaksa menandatangani perjanjian Bongaya yang intinya berisi :

1. VOC diperbolehkan memonopoli perdagangan di kawasan Indonesia Timur

2. Semua orang asing diusir dari Gowa-Tallo, kecuali VOC

3. Gowa-Tallo mengganti biaya kerugian perang

4. Beberapa wilayah kekuasaan Gowa-Tallo diserahkan kepada VOC

Arung Palaka dapat menaklukan benteng Somba Opu dan Sultan Hasanudin beserta pasukannya melarikan diri hingga meninggal pada tahun 1670.

Kerajaan Gowa Tallo adalah kerajaan gabungan antara Kerajaan Gowa dan Kerajaan Tallo yang dimiliki dua orang bersaudara. Dua kerajaan ini bersatu saat pemerintahan Raja Daeng Matanre Karaeng Tumapara’risi Khallona.

Kerajaan ini bersatu atas dasar kesepakatan, sehingga rakyat kedua kerajaan pun tidak memihak siapapun. Meski begitu, mereka memiliki dua raja yang sama-sama berkuasa di wilayah masing-masing.

Pada akhir abad ke 16, Sultan Alauddin adalah raja pertama yang memeluk Islam di Kerajaan Gowa Tallo dan sebagai penanda bahwa Kerajaan Gowa Tallo menjadi kesultanan. Agama Islam di Gowa semakin pesat. Pada tahun kedua kesultanan, semua rakyat kerajaan akhirnya beragama Islam.Masa kejayaan Kerajaan Gowa Tallo adalah masa kepemimpinan Sultan Hasanuddin. Sultan Hassanuddin adalah Raja Gowa ke 16 sekaligus pahlawan nasional Indonesia. Kerajaan ini mencapai puncak kejayaannya saat berada dibawah pimpinan beliau.