A ausência do controle de qualidade da água, nestes casos, além dos efeitos citados ainda ocasiona perdas para indústria. A utilização desta água incorreta leva a perda de todo um lote fabricado pois este terá de ser descartado, levando a um prejuízo bastante substancial à empresa quando pensamos em longa escala de produção.
O controle de qualidade dos contaminantes da água que será utilizada para a fabricação de medicamentos é um dos passos mais importantes para se poder iniciar este processo de produção. Se uma água está contaminada por endotoxinas bacterianas resultante de micro-organismos aquáticos por exemplo, ela irá contaminar toda a produção deste fármaco acarretando diversos problemas a saúde do consumidor final, se este vir a ser comercializado.
Para evitar a ocorrência desta contaminação é bastante importante a análise da água segundo sua composição para verificar a não existência de substâncias que podem comprometer a qualidade dos medicamentos que serão produzidos. Este controle é crucial pois a água tem grande capacidade de agregar compostos diversos e também em se contaminar novamente após a purificação .