하지만 전국민의료보험 시대로 나아가기에 여전히 ‘구멍’이 있었다. 의료보험료 납부 능력이 떨어지는 농어민, 도시 자영업자들이 혜택을 받지 못하고 있다는 것이었다. 노 전 대통령은 국고를 열었다. 1989년 시군구 단위 지역별로 의료보험 조합을 결성하게 하고 지역에서 필요한 의료보험료 수입의 50%를 국고로 보조한 것이다. 그 결과 도시 지역 135개, 농어촌 지역 92개의 의료보험조합이 탄생했다.

1989년 당시 의료보험 적용 대상은 전 국민의 94.2%로 대폭 확대됐다. 한국경제 60년사 편찬위원회에 따르면 100인 이상 사업장에 적용되던 1981년에만 해도 의료보험 대상자는 전 국민의 30%를 넘지 못했다. 의료보험 대상 인구까지 고려하면 사실상 전 인구를 포함하는 의료보장 체계가 확립됐다는 평가가 당시 나왔다.

노태우 정부 때 보건사회부 장관을 지냈던 문태준 전 장관은 ‘노태우 대통령을 말한다’라는 책에서 전국민의료보험제도에 대한 대국민 홍보가 노 전 대통령의 주요 관심사였다고 회고한다. 문 전 장관은 이 책에서 “어떻게 하면 홍보를 활성화할 것인가 하는 문제를 논의하는 과정에서 소규모의 국무회의를 대통령이 직접 주재한 적도 있다”고 적었다.

물론 한계도 지적된다. 바로 직장의료보험조합과 지역의료보험조합의 통합이 무산됐다는 점이다. 당시 통합 반대론자들은 농어촌 지역 저소득층 노인의 가입률이 높은 지역조합의 경우 의료 수요가 높아 재정이 악화된다는 점을 들어 직장조합의 재정 상태가 부실화될 수 있다는 논리를 폈다. 반면 통합 찬성론자들은 직장조합과 지역조합을 통합해 경제적 취약 계층을 위한 소득재분배를 이룰 수 있다고 주장했다.

1989년 국회는 통합안을 의결했다. 그러나 노 전 대통령은 거부권을 행사하며 통합이 무산됐다. 결국 의료보험 통합은 김대중 정부 시절인 2000년으로 약 10년 뒤로 미뤄지게 됐다.