El tratamiento consiste en antibióticos específicos, que penetran en el líquido cefalorraquídeo. El de primera línea es la ceftriaxona, que se administra durante cinco días a pacientes mayores de 2 meses; los bebés más pequeños necesitan siete días de tratamiento. También se debe asegurar una buena alimentación e hidratación del paciente y prestar atención al cuidado de la boca y los ojos para evitar úlceras.
Sin embargo, incluso con el tratamiento adecuado, entre el 5 y el 10% de los afectados fallece antes de dos días, y uno de cada cinco supervivientes puede sufrir secuelas, que van desde pérdidas de oído a problemas de aprendizaje.