La polución en Río Hondo no empieza ni termina en ese lago ubicado en el límite entre Tucumán y Santiago del Estero. 

 Los perjuicios ambientales llegan a Córdoba. Ese dique, en avanzado estado de deterioro ecológico, recibe las aguas de la cuenca de los ríos Salí y Dulce. Es la que termina desembocando en los bañados donde nace la laguna Mar Chiquita, que comparten Córdoba y Santiago del Estero.

Desde hace años se denuncia la contaminación sobre esa cuenca. Aguas arriba de Río Hondo, el impacto es de los sectores azucareros y establecimientos de cítricos, por falta de tratamiento de sus efluentes. También se apunta el aporte de grandes compañías mineras en Catamarca. Los fluidos cloacales sin tratar que se derivan al cauce agregan otro condimento.

El Salí-Dulce atraviesa Santiago del Estero en estado de deterioro y así llega a la laguna Mar Chiquita que es su principal afluente.

La contaminación no es la única preocupación. Desde hace años, se observa que viene bajando su nivel. Investigadores advierten la necesidad de más control sobre los desvíos de agua que en la mayoría de los casos, en forma clandestina, se hacen del cauce para riego de campos y otros fines. Ese menor caudal podría atentar contra el equilibrio de su rico ecosistema. Un síntoma está a la vista: la bajante deja playas de sal, que en días de viento norte levanta nubes que reparten sales sobre gran parte de la provincia.