1836-ban miután megszűnt a diéta jelentést tett a megyegyűlésen az általa képviselt ügyekről, ezt az írást a cenzor engedélye nélkül kinyomtatták és az egész országban terjesztették. A dokumentumot elkobozták, de Deák hírneve addigra újabb körök számára is ismertté vált.
 Az 1839-40-es országgyűlés törvényeinek előkészítésében tevékenyen részt vett, és 1839-ben tiszteletbeli tagja lett a Magyar Tudományos Akadémiának is.
 Bátyja 1842-es halála után Deák felszabadította jobbágyait, majd önként vállalta az adófizetést, így bizonyítva, hogy ő nemcsak elméletben híve a reformoknak, hanem a gyakorlatba is átülteti őket.
 Elvállalta Batthyány Lajos kormányában az igazságügyi tárca vezetését. 

1849. decemberében a forradalom alatt játszott szerepe miatt letartóztatták, kínvallatások után azonban elengedték. Ekkortól lett a passzív ellenállás vezetője. Széchenyi István megvásároltatta családjával Deák birtokait, így lehetővé vált, hogy Pestre költözve, a fővárosból irányítsa a magyar politikai elit életét. Az 1861-es országgyűlésen a Felirati Párt vezetője lett, s bár elképzeléseiket akkor nem tudták az uralkodóval elfogadtatni, a kezdeményező szerep egyre inkább az ő kezébe került. 1865-ben kiadta a Húsvéti cikket, s 1867-ig minden energiáját a kiegyezés létrehozásába fektette.
 
 
 Deák 1867 után egyre többet betegeskedett. A parlamenti erőviszonyok is megváltoztak: egyre többször fordult elő, hogy leszavazták reformjavaslatait - erre a sorsra jutott például a választójog kiszélesítése ügyében tett indítványa is.
 1876. január 28-án halt meg, érdemeit az országgyűlés törvényben ismerte el és előírta, hogy emlékére országos adakozásból szobrot állítsanak fel.