El sitio fue construido a inicios del siglo xii en la cima de un cerro rodeado de barrancos. En general, se supone que Mixco fue el centro político de la Confederación Poqomam y que se llamaba originalmente Saqik'ajol Nimakaqapek. Alrededor del año 1470 fue conquistado por el pueblo kaqchikel y su nombre fue cambiado a Jilotep'ek (Jilotepeque). Se estima que llegó a tener una población de 10 000 habitantes a inicios del siglo XVI.

Es uno de las bellezas del mundo maya, sus ruinas son impresionantes y la vista que se tiene desde la cima es inigualable. Según los arqueólogos, este complejo fue ocupado durante 16 siglos siendo un sitio maya del periodo clásico.  Sobresalen los conjuntos que corresponden al Palacio Real, donde vivió el gobernante y su familia, la Acrópolis Norte, el Complejo Astronómico, dos patios para Juego de Pelota, la Acrópolis Este, la Plaza de las Sombras y el Complejo de Pirámides Gemelas, todos ellos integrados a un sistema de calzadas y vías pavimentadas.