Apesar de parecerem, muitas vezes, separados e fragmentados, estes elementos funcionam em conjunto como um único organismo. Os ecossistemas urbanos são, geralmente, sistemas profundamente alterados, sujeitos a modificações rápidas do solo e da cobertura vegetal, assim como da temperatura e da disponibilidade de água. A vida das plantas nos ecossistemas urbanos é diferente das condições nos ecossistemas naturais. Mesmo nas áreas naturais, ou semi-naturais, das cidades, como os parques, a vegetação encontra-se muitas vezes fortemente alterada, com numerosas espécies não nativas e invasoras. Uma questão extremamente importante para os ecossistemas urbanos é a sua capacidade de criarem ambientes saudáveis, quer para o ecossistema natural, quer para os cidadãos.  

A ecologia urbana, uma disciplina relativamente recente, estuda e monitora os ecossistemas urbanos Ela pesquisa os fatores que permitem às plantas e animais selvagens sobreviverem em ambientes edificados (efeitos dos padrões de desenvolvimento urbano nas condições ecológicas) e tenta definir as condições favoráveis ao desenvolvimento de comunidades mais saudáveis e melhor geridas nos ambientes urbanos.

Existem dois tipos de unidades de conservação, as Unidades de Proteção Integral (Estação Ecológica, Reserva Biológica, Parque Nacional, Monumento Natural e Refúgio de Vida Silvestre) e as Unidades de Uso Sustentável (Área de Proteção Ambiental, Área de Relevante Interesse Ecológico, Floresta Nacional, Reserva Extrativista, Reserva de Fauna, Reserva de Desenvolvimento Sustentável e Reserva Particular do Patrimônio Natural).