Optical Genome Mapping Reveals the Complex Genetic Landscape of Myeloma by WILDER THIAGO SEBASTIAN MORALES GAMARRA https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e en-us 2025-06-30 01:51:12 UTC 2025-07-08 00:52:27 UTC hello@padlet.com wildermorales1 https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3505464884 El mieloma múltiple es un cáncer hematológico que afecta a las células plasmáticas de la médula ósea, provocando la producción descontrolada de anticuerpos anómalos. Puede causar anemia, dolor óseo, insuficiencia renal e infecciones frecuentes.

]]> 2025-06-30 02:03:37 UTC https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3505464884 Existen dos grandes subtipos wildermorales1 https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3505466428

  • Hiperdiploide: con ganancias de cromosomas impares.

  • No hiperdiploide: con translocaciones del gen IGH (14q32) que activan oncogenes como MMSET, MAF o CCND1, mediante un mecanismo llamado superenhancer hijacking.

    • ]]>     2025-06-30 02:04:33 UTC https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3505466428     Diagnostico: wildermorales1 https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3505483425 El diagnóstico incluye estudios clínicos, bioquímicos y genéticos como FISH, una técnica que detecta alteraciones cromosómicas específicas. Sin embargo, FISH tiene limitaciones:

    • Solo analiza regiones seleccionadas

    • Puede pasar por alto reordenamientos complejos

    • No ofrece una visión global del genoma.

    ]]>     2025-06-30 02:14:10 UTC https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3505483425     Nueva alternativa: OGM wildermorales1 https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3505485727 Una alternativa moderna es el OGM (Optical Genome Mapping), una técnica que analiza moléculas de ADN largas con marcas fluorescentes y permite detectar reordenamientos estructurales complejos en todo el genoma con alta resolución y sin necesidad de cultivo celular. OGM puede identificar translocaciones, duplicaciones, deleciones e inversiones que FISH no detecta, y por ello tiene el potencial de reemplazar o complementar a FISH en el análisis genético del mieloma múltiple.

    ]]>     2025-06-30 02:15:13 UTC https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3505485727     Selección de pacientes diegocastro210 https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506433797 Se incluyeron 20 muestras: 18 pacientes cumplieron los criterios clínicos y 2 fueron añadidos desde un biobanco.

    Criterios: ≥10% células plasmáticas y ≥2.5 millones de células CD138+ purificadas.

    ]]>     2025-06-30 23:51:21 UTC https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506433797     Purificación y Conservación diegocastro210 https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506436567

  • Recolección de AMO en RPMI + heparina.

  • Purificación con kit EasySep™ (selección inmunomagnética automatizada).

  • Confirmación de pureza >70% (tinción de Wright-Giemsa).

  • Conservación a −80 °C tras mezcla con estabilizador de ADN.

    • ]]>     2025-06-30 23:54:34 UTC https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506436567     Resultados generales https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506485411 El análisis mediante Optical Genome Mapping (OGM) fue exitoso en detectar todas las alteraciones genéticas relevantes en los 20 pacientes con mieloma múltiple (MM), incluyendo:

    • Variaciones estructurales (SVs)

    • Variaciones en el número de copias (CNVs) como deleciones y ganancias.

    • Aneuploidías.

    ]]>     2025-07-01 00:36:33 UTC https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506485411     OGM como herramienta pan-genómica https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506488635

  • El OGM genera un mapa de todo el genoma. Puede identificar cualquier variación estructural o CNV significativa en cualquier parte de los cromosomas.

  • Incluso detectó alteraciones que aun no se saben si tienen alguna importancia clínica.

  • Por otro lado, FISH es una técnica dirigida a un objetivo específico. Cualquier anomalía genética que no esté cubierta por estas sondas simplemente no será detectada por FISH, aunque esté presente en el genoma de la célula tumoral.

    • ]]>     2025-07-01 00:38:45 UTC https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506488635     Translocaciones de IGH https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506491320

  • Se identificaron 2 casos de t(4;14) (muestras 07 y 45; 10%), y un caso individual de t(6;14) (muestra 12), t(14;16) (muestra 02) y t(14;20) (muestra 44).

  • Un caso (muestra 37) exhibió un reordenamiento de tres vías que involucraba un tercer cromosoma, lo que demuestra la capacidad del OGM para detectar estructuras más complejas.

    • ]]>     2025-07-01 00:40:26 UTC https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506491320     Hallazgos en Genomas Hiperdiploides (HDM) https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506493607

  • OGM pudo detectar variaciones en cromosomas hiperdiploides, mientras que FISH no pudo hacerlo.

  • Los casos hiperdiploides mostraron una clara tendencia a la ganancia de cromosomas impares.

  • La ganancia del cromosoma 15 fue la más prevalente (90% de los casos HDM), seguida de las ganancias del cromosoma 9 (90%) y del cromosoma 5 (80%).

    • ]]>     2025-07-01 00:41:52 UTC https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506493607     Análisis FISH diegocastro210 https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506578046

  • Choque hipotónico + fijación con solución de Carnoy.

  • Sondas FISH principales:

    • TP53/CEN17, IGH/FGFR3, IGH/MAF, IGH/MAFB, CKS1B/CDKN2C.

  • Confirmación de translocaciones con sondas adicionales.

  • Clasificación HDM por ganancia de cromosomas impares.

  • Evaluación de ploidía: ≥3 señales/locus.

    • ]]>     2025-07-01 01:34:11 UTC https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506578046     Mapeo Genómico Óptico (OGM) diegocastro210 https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506580437

  • Extracción de ADN de 1.5–2 millones de células (kits Gen 1 y 2).

  • Problemas iniciales con microesferas → paso de eliminación magnética.

  • ADN concentrado, homogenizado 72 h.

  • Plataforma: Saphyr® con chips G2.3 y G3.3.

  • Meta: 1500 Gbp de datos por muestra.

    • ]]>     2025-07-01 01:35:39 UTC https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506580437     Análisis de Datos OGM diegocastro210 https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506580874

  • Software: Bionano Access v1.7.2 con pipeline RVA.

  • Criterios de calidad: ≥70% mapeo, cobertura 300–400×.

  • Ajustes de filtros para:

    • Eliminar variantes normales.

    • Detectar translocaciones teloméricas (ej. t(4;14)).

    • Visualizar deleciones/ganancias pequeñas.

  • Confirmación: ruptura IGH cerca de oncogenes (NSD2, CCND1, etc.).

  • fCN >3 = amplificación 1q.

    • ]]>     2025-07-01 01:36:01 UTC https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506580874     Deleciones del 17p/TP53 https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506678318

  • Estimación de SVs desbalanceadas, con muchos más detalles

  • Detección de grandes deleciones y translocasiones complejas

  • 4 muestras fueron detectadas positivas de forma automatica mientras que 2 tuvieron que ser analizadas de forma manual

    • ]]>     2025-07-01 02:35:08 UTC https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506678318     Anomalias del cromosoma 1 https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506685842 Deleciones del 1p

    • Detecctadas por CDKN2C de la banda 1p32

    • Varia de tamaño (entre 1p32.3 a 1p31.3

    • algunas deleciones fueron focalizadas , detectables con FISH , pero otras , muchas más grandes no

    Ganacia de 1q

    • detectada por CKS1B

    • tamaños similares y consistentes

    • son consecuencia de translocasiones intercromosomicas.

    • las ganancias y perdidas suelen ocurrir en las regiones cercanas a los puntos de quiebre

    • Casos con más de 3 copias

    ]]>     2025-07-01 02:40:06 UTC https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506685842     Anormalidades de 8q24.21/MYC https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506688824

  • MYC como un oncogen importante, puesto que su sobreexpresión aumenta la progresión tumoral , relacionado a estados más agresivos de la enfermedad

  • mayormente reordenamientos complejos

  • OGM detecta los pequeños rearreglos que FISH no puede detectar

    • ]]>     2025-07-01 02:42:10 UTC https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506688824     Variabilidad de puntos de quiebre https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506691831

  • la mayor parte fue en la región IGH

  • No se encontraron rearreglos dentro del gen MYC pero si en regiones cercanas , relacionado a su sobreexpresión

  • La región PVT1, cercana a MYC, fue la que más rearreglos sufrio en el cromosoma 8

    • ]]>     2025-07-01 02:44:14 UTC https://padlet.com/wildermorales1/f18msqw3qndps65e/wish/3506691831