Según estudios se han reportado la presencia de 190 especies de aves y al menos 12 órdenes de mamíferos distribuidas en 21 familias, de los cuales algunos están amenazados por la cacería ilegal y la destrucción de hábitat. Según la información disponible el Refugio de vida silvestre cuero y salado posee unas 38 especies de animales terrestres.  Aquí se brinda protección a unas 35 especies de animales, incluyendo al manatí (o vaca marina), jaguares, monos cara blanca, lagartos, etc. Con algo de suerte es posible divisar un hermoso manatí, especie en peligro de extinción y que aquí ha encontrado un lugar seguro para vivir.

La flora y zona de la laguna protege de inundaciones, además capta los sedimentos y estabiliza reflujos entre el mar y la laguna provenientes del río Sico. Tiene su desembocadura al mar por medio de la Barra de Palacios, que es una ruta estratégica de entrada a la Biosfera Río Plátano.
Es un bosque manglar en el que se encuentra mangle rojo, blanco y botoncillo, además mucha fauna como el manatí (Trichechus manatus), aves el Jabirú (Jabiru mycteria) y peces como las cuberas (Lutjanus apodus) y júreles (Caranx latus).

En el año 2000, mediante Decreto Legislativo No. 261-2000 fue establecido oficialmente como Parque Nacional.
Punta Izopo forma parte del sub sistema de Áreas Protegidas de la Bahía de Tela, en la que existen 4 unidades de manejo: El Jardin Botánico Lancetilla, El Refugio de Vida Silvestre Texiguat y el Parque Nacional Blanca Jeannette Kawas (Punta Sal).

En Punta Izopo existen alrededor de 500 especies de animales vertebrados, y alrededor de 400 especies de invertebrados.

Además hay unas 70 especies de peces de agua dulce y aproximadamente 345 especies de aves.

El Parque Nacional Punta Izopo posee alrededor de 10 tipos de ecosistemas; según el sistema de clasificación de la UNESCO:

Se encuentra en las orillas de los esteros de los Ríos Hicaque, Carvajales, Plátano t ek Estero de la antigua desembocadura del Rio Lean y la Laguna Negra. Aquí es común encontrar 3 tipos de mangle: Mangle rojo (Rhyzophora mangle), mangle blanco (Laguncularia racemosa) y mangle negro (Avicenia nitida).

Formado por la Laguna de Hicaque y la de Colorado Barra.

Formado por los cerros Sal si Puedes, Bonilla e Izopo

Incluye toda la zona núcleo del parque y las zonas cercanas al Este y Sur Oeste.

Comprende un área al Sur del PNPI en el Cerro Pico de Botella

Es una área ubicada entre los viveros Matas de Honduras y la Comunidad de El Boquete, en la parte limite Suroeste de la zona núcleo.

Incluye todos los ríos, criques, quebradas y canales de agua dulce del Parque Nacional.

Aquí se incluyen todas las áreas agrícolas y ganaderas de la zona

Incluye las áreas cercanas al mar hacia el Este del Sector de las comunidades Garifunas de El Triunfo de la Cruz y La Ensenada. Al Oeste Carvajales y Colorado Barra.

El bosque de mangle representa uno de los ecosistemas más importantes en el Sistema de Humedales Cuyamel-Omoa; las especies presentes son Rhizophora mangle, Laguncularia racemosa y Avicennia germinans. En el sitio se encuentra también representado el Bosque Inundable de Agua Dulce.