Se ne avvantaggia il giovane papa Innocenzo III, deciso a condurre una politica energica:

nel rapporto con il potere politico.

nelle crociate;

nella lotta contro le eresie;

nella riforma della Chiesa

Egli la espresse con la “teoria del Sole e della Luna”:

Tuttavia la Luna (= potere temporale) è inferiore al Sole (= spirituale) e ne dipende.

Alla morte di Enrico VI (1197) ripresero le contese per la successione tra:

Ghibellini, che proposero il fratello Filippo di Svevia, sostenuto da Filippo di Francia

e Guelfi che indicarono il figlio di Enrico il Leone, Ottone IV di Brunswick, appoggiato dal re di Inghilterra.

Innocenzo preferì Ottone (1201) che si impegnò a rispettare l’autonomia dei territori pontifici.

Ma presto violò gli accordi con il papa che lo scomunicò (1210).

Innocenzo III gli oppose il re di Sicilia Federico II ormai 17enne, di cui era stato tutore dopo la morte di Costanza di Altavilla (1198), con l’impegno di tener divise le due corone.

Ma per prendere il potere dovette affrontare, con l’appoggio del re di Francia Filippo Augusto, Ottone IV, sostenuto da Giovanni Plantageneto, detto anche Giovanni Senza Terra.

Lo scontro a Bouvines (Francia) nel 1214 si conclude con la vittoria di Federico.

Federico II nacque a Jesi nel 1194 da Enrico IV e Costanza d’Altavilla. Il ragazzo venne incoronato a soli 4 anni e alla morte del padre, seguita da quella della madre, venne messo sotto tutela del papa. Il 26 Dicembre 1208 Federico compì il quattordicesimo anno di età e uscì dalla tutela papale.

Secondo una tradizione, Federico II nacque in una tenda.
Nel 1212 egli venne eletto Duca di Svevia dai principi tedeschi e Re di Germania nel Duomo di Magonza. Nel 1213 Federico II promise, con la famosa Bolla d’oro, di mantenere la separazione fra Regno di Sicilia e quello di Germania ( promessa mai mantenuta da Ottone IV ) Dopo la battaglia di Bouvines, egli rimase l’unico erede al trono. Due città però non si sottomisero: Colonia e Aquisgrana Nel 1215 Federico II riesce ad impossessarsi anche di queste ultime e diventa Imperatore dei Romani.
Federico II concentrò il suo potere principalmente in Sicilia eludendo le richieste del papa.

Nel 1206 nacque l’ordine dei frati predicatori, fondato dallo spagnolo Domenico de Guzman con l’obbiettivo di dotare la Chiesa di un “corpo militante scelto” che assumesse a modello il povero predicatore apostolico,in grado di opporre all’eresia non solo una solida preparazione culturale e teologica, ma anche l’esempio concreto di una condotta di vita rispondente al dettaglio evangelico. Quello domenicano fu un ordine di gente dotta, che affrontava le teorie eretiche in pubblici dibattiti, mettendone in luce le debolezze e le contraddizioni. La cultura teologica venne individuata come mezzo fondamentale per difendere la vera fede da deviazioni o cattive interpretazioni. Da allievi i domenicani divennero ben presto professori universitari, che incisero come maestri sulla formazione degli studenti e favorirono numerose vocazioni. In quest’epoca quindi si sostituiscono gli scriptoria dei monasteri con le università. Tra i più illustri domenicani troviamo Alberto Magno e Tommaso d’Aquino.

L’ordine francescano, riconosciuto da papa Innocenzo III nel 1210, fu fondato da san Francesco d’Assisi il quale volle che i suoi seguaci evitassero il più possibile ogni contatto con la ricchezza materiale: secondo lo spirito francescano la vera ricchezza dell’ uomo è il Cristo; il povero evangelico è colui che rinuncia al proprio egoismo per essere totalmente disponibile a compiere la volontà di Dio. La povertà, cioè la rinuncia al possesso di qualunque bene materiale, è dunque il fulcro dello spirito francescano. Ai suoi frati diete il nome di minori, derivandolo dal modo in cui venivano definiti i cittadini più poveri. L’entusiasmo suscitato dalla sua predicazione e dal suo stile di vita moltiplicarono in breve le file dei seguaci di Francesco: non mancheranno fra questi anche le donne, che furono raccolte in comunità sotto la guida di Chiara d’Assisi. Francesco nel 1224 ricevette sulle mani, sui piedi e sul corpo le stigmate e, pur cieco e malato compose il Cantico delle Creature. Qualche tempo dopo la morte del suo fondatore anche l’ordine francescano sviluppò un intensa attività di predicazione, collegata allo studio della teologia.

Innocenzo combatté con decisione, usando metodi persuasivi e coercitivi, le eresie che si diffondevano ampiamente nell’Europa del basso medioevo:

Movimenti pauperistici, che contestavano la mondanizzazione della Chiesa;

Movimenti millenaristici, che predicavano l’imminenza della fine del mondo;

I Càtari, sostenitori di una vera e propria religione distinta dal cristianesimo.
Il movimento ereticale per eccellenza fu quello dei catari.

Ritenevano il corpo e la materia creazione del dio del male,

da combattere con l’ascetismo, il rifiuto del matrimonio e delle “opere della carne”;

Condannavano la corruzione della Chiesa, ma anche la sua dimensione sociale.
I Catari erano diffusi nella Francia meridionale (Albi) e godevano della protezione di Raimondo conte di Tolosa.

Innocenzo fece ricorso:

Alla predicazione dei monaci cistercensi e del nuovo ordine fondato da S. Domenico Guzman;

A sanzioni (esilio e confisca dei beni) per i capi degli eretici.
San Domenico operò a Bologna dove morì. 
E’ sepolto nella Chiesa a lui intitolata.
Il papa scomunicò Raimondo e, dopo l’assassinio di un suo legato, il papa bandì la crociata contro gli albigesi (1208).

Risposero i feudatari francesi, che allo scopo di impossessarsi di quelle terre, compirono crudeli massacri.

La guerra finì nel 1226: se ne avvantaggiò il re Luigi VIII che riuscì ad estendere la sua influenza sul Sud della Francia.
Momento culminante dell’opera di riforma e della Chiesa fu la riunione del Concilio ecumenico Lateranense IV (1215)

Si occupò di questioni dogmatiche (Trinità, condanna delle eresie) e disciplinari (precetto pasquale)

Bandì la quinta crociata (contro l’Egitto, conclusasi anch’essa in modo fallimentare).

Federico controlla sia regno di Sicilia che impero tedesco, contro le intenzioni di Innocenzo III e in accordo col nuovo papa Onorio III Federico si occupa soprattutto del regno di Sicilia, unificando le tradizioni sveva (Barbarossa) e normanna (Costanza d'Altavilla): forza della monarchia ed uso efficace del feudalesimo.
Federico fu richiamato dal nuovo Papa a mantenere l'impegno di condurre una nuova crociata in Terrasanta;
in particolare la VI crociata.
L'imperatore però aveva altre priorità.
Stabilì la propria sede a Palermo, ed avviò un programma di sviluppo agricolo per il regno di Sicilia, regno che a lui stava molto a cuore. Il suo obiettivo era quello di accentrare tutti i poteri nelle proprie mani, non lasciando spazi ai feudatari o ai comuni. Questo obiettivo ebbe la luce quando la cittadina di Melfi nel 1231 emanò le cosiddette "Costituzioni melfitane".
Con quest'ultime il sovrano diveniva l'unica fonte del diritto e delle leggi.
Un simile atteggiamento suscitò l'ira del Papato, Federico quindi dovette fare i conti con Gregorio IX (parente di Innocenzo III). Tra i due nacque un conflitto e il Papa giunse alla decisione di scomunicarlo. Federico allora decise di accontentare i voleri del Papa e quindi intraprese la VI crociata (1228-1229).
Federico II, però, al posto di armarsi e combattere, ricorse alla diplomazia negoziando con il sultano d'Egitto al-Malik al-Kamil un accordo. Con questo accordo ottenendo persino Gerusalemme. 
Malgrado i suoi risultati soddisfacenti, questo accordo fu episodio di scandalo in Occidente.
Federico II fu accusato di aver trattato con degli infedeli e venne addirittura considerato un Anticristo.
INIZIA UNA CONGIURA.

Un soldato francese ferma una donna, accompagnata da suo marito. Con la scusa di una perquisizione, la tocca, la oltraggia. È troppo! La reazione del marito e di quanti assistono alla scena è furente: il soldato è trapassato da un colpo di spada e la rivolta dei Vespri siciliani si diffonde a macchia d’olio in tutta l’isola; una vera e propria caccia allo straniero colpisce duramente la colonia francese, che subisce circa quattromila morti.

La ribellione di Palermo divenne in breve tempo una vera e propria guerra, che durò venti anni.

Carlo d’Angiò dovette preparare in fretta e furia il suo esercito. Iniziò l’assedio a Messina nel giugno del 1282. Un mese dopo Pietro III d’Aragona (considerato l’erede legittimo al trono svevo in quanto marito di Costanza, figlia di Manfredi) sbarcò a Trapani per essere incoronato re di Palermo. Quasi immediatamente giunse la scomunica dell’aragonese da parte di papa Martino IV, vicino agli Angiò.

Le ostilità terminarono, di fatto, il 31 agosto 1302 con la firma del trattato di pace di Caltabellotta.

In seguito alla pace di Caltabellotta la Sicilia fu affidata a Federico d’Aragona, fratello del re Giacomo d’Aragona (che era succeduto al padre Pietro III), con la condizione che alla sua morte la corona sarebbe tornata agli Angioini. Ma i patti non furono rispettati e l’isola passò di fatto sotto il controllo degli Aragonesi.

La vicenda dei Vespri siciliani è ricordata anche da Dante, vicino ai guelfi angioini, nel Paradiso canto VIII, vv. 73-75, quando incontrando Carlo Martello, a questi fa dichiarare che la Sicilia sarebbe stata ancora nelle mani degli Angiò se il mal governo di Carlo I non avesse spinto gli abitanti di Palermo a gridare: «Muoia, muoia!», provocando la rivolta dei Vespri siciliani.