Los atrios o patios comprendían la mayoría de las veces grandes extensiones de terreno delimitadas por bardas de distintas formas y dimensiones. Por los ejemplos que se conservan parece ser que predominaron los muros altos y fuertes de mampostería o bien sillares procedentes en muchas ocasiones de los restos de templos prehispánicos. 

Las capillas abiertas, designadas también capilla de indios, son quizá las construcciones que presentan mayor variedad de formas, tanto en estructura como en ornamentación, en sus vanos abiertos hacia el espacio atrial.

Debido a la urgencia de contar con una construcción que funcionara como templo, las capillas abiertas fueron, en su mayoría, las primeras partes que se levantaban de los conjuntos monásticos. Por esta razón no hubo un patrón específico que unificara su disposición, de lo cual resultó la gran diversidad de estructuras y formas. Las hay a nivel del templo, independiente o adosado a él, de uno o varios arcos o galerías.

La importancia de la enseñanza y las procesiones redundó en la creación de las capillas posas. 

Por definición, lugares cerrados, constituían la parte central del convento, ya que sus galerías, organizadas en forma de patio, unían las diferentes dependencias del monasterio. Se construyen generalmente en dos pisos, con arcadas en ambos niveles realizadas en mampostería o en columnas y pilares tallados en piedra . En las galerías se encuentra la mayor riqueza formal de estos recintos, tanto desde el punto de vista estructural como del ornamental, sin hablar de la pintura mural.

En su exterior los muros son lisos, apoyados por contrafuertes o arbotantes; en muchos casos están rematados por merlones y almenas, elementos que justifican el apelativo de iglesias-fortalezas.

La ornamentación a base de relieves tallados se advierte sobre todo en las portadas, vanos de ventanas, arcos triunfales, techumbres, campanarios, torres y espadañas, señalando tramos y rematando paramentos. Los motivos más usados fueron los escudos de la orden, las cinco llagas sangrantes de Cristo, representaciones del cordón con que ataban sus hábitos; flores, cartelas, grutescos, pero sobre todo motivos alusivos a temas cristológicos y marianos, como anagramas de Cristo, Jesús y la virgen, veneras (conchas); símbolos pasionarios como la cruz, la corona de espinas y los clavos, entre otros.

Se pueden clasificar cuatro tipos de plantas en la zona mixteca zapoteca, que pueden hacerse extensivos al resto de los sitios evangelizados, ellos son: 
a)  de una sola nave sin crucero 
b) la planta cruciforme. Con respecto a Oaxtepec, el efecto de cruz latina  se consigue gracias a las dos capillas fronteras que se abren junto a la mayor 
c)con capillas laterales 
d) las basílicas de tres naves

La construcción de claustros con pilastras y contrafuertes hacia el patio. Aunque lo común fueran las arcadas soportadas por columnas.

Las galerías de los claustros en cada convento fueron cubiertas de diferente manera; con bóveda de cañón corrido, de viguerías y las que combina dos tipos de techumbre.

En los claustros dominicos fue común la horadación de rinconeras en los muros de las galerías bajas, de estructura simple, 
y con enmarcamientos de decoración en relieve.

Al igual que en el resto de los conventos mendicantes, fue necesaria en la construcción de los conjuntos la inclusión de las capillas abiertas y capillas posas. En cuanto a las primeras se levantaron de acuerdo con diferentes tipos de estructuras con presbiterio trapezoidal, de planta rectangular y aún más interesante con presbiterio semiexagonal y dos naves, así mismo fue común en los conventos del siglo XVI  que las porterías de los claustros cumplieran también la función de capillas abiertas.