En Bogotá, Morillo implantó un "régimen de terror" caracterizado por la cruenta represión del movimiento patriota. Implantó tres tribunales militares: el Consejo de Guerra (para delitos de sangre), el Consejo de Purificación (para delitos delitos menores) y Junta de Secuestros (para confiscar los bienes de los patriotas).

El Consejo de Guerra condenó a muerte a muchos líderes y militantes patriotas, como Camilo Torres, Antonio Villavicencio, José María Carbonell, Francisco José de Caldas, Policarpa Salvarrieta y Antonia Santos. Los fusilamientos ocurrieron en todo el país, pero el sitio más conocido es la "Huerta de Jaime", hoy Plaza de los Mártires, en Bogotá.

 

Decidió aparentar la retirada a cuarteles de invierno, comisionando al General José Antonio Páez a tal fin con un pequeño cuerpo con el cual debía aparentar la presencia del ejército completo, de manera de engañar al enemigo. Tras la retirada de Pablo Morillo de la campaña de Apure a sus cuarteles de invierno en Calabozo, decidió que era el momento oportuno para efectuar la planeada liberación de Nueva Granada para lo cual había enviado meses atrás a Santander que conformará el ejército libertador, tarea que cumple a cabalidad.

 

Tuvo una duración de 77 días, desde el 21 de mayo de 1819 cuando Bolívar expuso el plan en la aldea de los Setenta ante los jefes del ejército independentista, hasta el 10 de agosto del mismo año, cuando Bolívar entró sin resistencia a Santafé de Bogotá, la capital de la Nueva Granada, después de haber vencido en las batallas del Pantano de Vargas y de Boyacá.

Era viernes, día de mercado y de mayor concurrencia a la plaza mayor. Al mediodía, Luis de Rubio se acercó a la casa del españolJose Gonzalez Llorente y le pidió prestado un florero para decorar la mesa de Antonio Villavicencio. La inminente negativa permitió la intervención de Francisco José de Caldas y Antonio Morales, que inmediatamente alertaron al pueblo de la afrenta del “chapetón” (como eran llamados los españoles) al pueblo americano.  Aun cuando Llorente negó lo acontecido y no hubo por su parte mayor ofensa, el pueblo heterogéneo que concurría la plaza mayor arremetió contra el virreinato, provocando una revolución que desembocó en la inminente firma del Acta de Independencia de Santafé, dirigida por decisión de la Junta de Gobierno.   Aunque no fue la única revolución ni la más certera, es considerada como la fecha oficial de la independencia porque abrió el sendero de intensas luchas libertarias contra la corona española.   Fue la proclamación de una independencia total que se conseguiría bajo el mando de Simón Bolívar tras una campaña que inició en mayo de 1818 en Venezuela y terminó en la Batalla de Boyacá el 7 de agosto de 1819. Así se dio paso al Congreso de Angostura y al nacimiento de la República de Colombia.

Se caracterizó por la formación de muchas juntas de gobiernos independentistas y el sangriento conflicto entre patriotas centralistas (como Antonio Nariño) y federalistas (como Camilo Torres). 
El 20 de julio de 1810, los bogotanos derrocaron al virrey Antonio Amar y Borbón y formaron una Junta de Gobierno presidida por José Miguel Pey.

En marzo de 1811 se conformó la Asamblea del Estado de Cundinamarca, la que al mes siguiente aprobó la Constitución del Estado de Cundinamarca, inspirada en la Constitución de EE.UU. Como jefe de estado fue elegido Jorge Tadeo y después Antonio Nariño (1811-1813).

Paralelamente, otras ciudades formaron juntas y redactaron constituciones, como en Cartagena, Tunja, Antioquia y Popayán. Estas formaron un Congreso que el 27 de noviembre de 1811 proclamó el nacimiento de la República de las Provincias Unidas de Nueva Granada. Su Congreso presidido por Camilo Torres se proclamó federalista.

El Estado de Cundinamarca (centralista) le hizo la guerra a las Provincias Unidas (federalista). Esta primera guerra civil terminó con la batalla de Santa Fe del 9 de enero de 1813, donde el centralista Nariño derrotó al federalista Antonio Baraya. Al verse fortalecido, Nariño hizo campaña contra los realistas en Popayán (sur del país), pero fracasó. En 1814 fue capturado y encarcelado en Cádiz (España). Esto fue aprovechado por Simón Bolívar para tomar Bogotá por pedido de las Provincias Unidas.

Pero en 1815 llegó el general español Pablo Morillo al mando de un poderoso ejército que reconquistó Venezuela y Nueva Granada. Sus tropas recuperaron Cartagena en diciembre de 1815 y Bogotá en mayo de 1816. Morillo mandó fusilar a muchos patriotas, entre ellos a Camilo Torres (Presidente de las Provincias Unidas de 1815 a 1816). Con esto terminó la Patria Boba y se inició el "Régimen del Terror" de Morillo.